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Merge branch 'releases/Release_2_11_3_Branch'
[jalview.git] / help / html / colourSchemes / annotationColouring.html
diff --git a/help/html/colourSchemes/annotationColouring.html b/help/html/colourSchemes/annotationColouring.html
deleted file mode 100755 (executable)
index 6f2f59d..0000000
--- a/help/html/colourSchemes/annotationColouring.html
+++ /dev/null
@@ -1,61 +0,0 @@
-<html>
-<!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
- * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
- * 
- * This file is part of Jalview.
- * 
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
- * 
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
--->
-<head><title>Annotation Colouring</title></head>
-
-<body>
-<p><strong> Annotation Colouring </strong></p>
-<p>Jalview allows the columns of an alignment to be coloured using any 
-  numerical annotation rows added to that alignment. </p>
-Select &quot;Colour&quot; <strong>&#8594;</strong> &quot;.. 
-  by Annotation&quot; to bring up the Colour by Annotation settings window. <br>
-  <br><div align="center">
-  <img src="annotationColourSetting.jpg" width="507" height="202"> </div>
-<ul>
-  <li>Select which annotation to base the colouring scheme on using the top left 
-    selection box.</li>
-  <li> If the &quot;Use Original Colours&quot; box is selected, the colouring 
-    scheme will use the colouring scheme present on the alignment before the Annotation 
-    Colour Settings window was displayed. </li>
-               <li>The colour scheme can display a colour gradient from a colour
-                       representing the minimum value in the selected annotation to a colour
-                       representing the maximum value in the selected annotation. Use the
-                       &quot;Min Colour&quot; and &quot;Max Colour&quot; to set the colour
-                       gradient range.
-                       <ul>
-                               <li><em>New in Jalview 2.7</em>: Press the &quot;Defaults&quot;
-                                       button to reset the minimum and maximum colours to their default
-                                       settings (these are configured in the applet's parameters or the <a
-                                       href="../features/preferences.html">application's user
-                                               preferences</a>.)
-                       </ul>
-               </li>
-
-               <li>Select whether to colour the alignment above or below an adjustable threshold 
-    with the selection box center left of the window. </li>
-               <li>Change the threshold value with the slider, or enter the
-                       exact value in the text box.
-               </li>
-               <li>Select the &quot;Threshold is Min/Max&quot; checkbox to
-                       assign colours using the thresholded range's minimum and maximum
-                       values, otherwise the scale will be defined by the range of values in
-                       the annotation row.</li>
-       </ul>
-<p align="center"><img src="annotationColours.jpg" width="688" height="488"> </p>
-</body>
-</html>