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JAL-1683 replace year/version strings with tokens in source
[jalview.git] / help / html / colourSchemes / annotationColouring.html
diff --git a/help/html/colourSchemes/annotationColouring.html b/help/html/colourSchemes/annotationColouring.html
index 4847e71..3b23a48 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/annotationColouring.html
+++ b/help/html/colourSchemes/annotationColouring.html
@@ -1,21 +1,24 @@
 <html>
 <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
- * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
  * 
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- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
- * 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
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  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ -->
 <head>
 <title>Annotation Colouring</title>
 </head>
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                                symbols and graphs, this may be black by default, so your alignment
                                will be coloured black.</em>
                </li>
+               <li><em>Secondary structure annotation colouring</em><br />By
+                       default, Jalview will employ the helix or sheet colours to shade
+                       sequences and columns by available secondary structure annotation
+                       tracks. In the case of RNA, each structure is processed to identify
+                       distinct RNA helices and rendered in the same way as the <a
+                       href="rnahelicesColouring.html">RNA Helices shading scheme</a>. <em>Structure based sequence shading was added in Jalview 2.8.2</em></li>
                <li>The colour scheme can display a colour gradient from a colour
                        representing the minimum value in the selected annotation to a colour
                        representing the maximum value in the selected annotation. Use the
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                        the annotation row.</li>
        </ul>
        <p align="center">
-               <img src="annotationColourView.gif" width="581" height="148">
+               <img src="annotationColours.gif" width="582" height="464">
        </p>
 </body>
 </html>