JAL-1683 replace year/version strings with tokens in source
[jalview.git] / help / html / colourSchemes / annotationColouring.html
index 6a37f8a..3b23a48 100755 (executable)
@@ -1,21 +1,24 @@
 <html>
 <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
- * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
  * 
  * This file is part of Jalview.
  * 
  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
  *  
  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
--->
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ -->
 <head>
 <title>Annotation Colouring</title>
 </head>
                                symbols and graphs, this may be black by default, so your alignment
                                will be coloured black.</em>
                </li>
+               <li><em>Secondary structure annotation colouring</em><br />By
+                       default, Jalview will employ the helix or sheet colours to shade
+                       sequences and columns by available secondary structure annotation
+                       tracks. In the case of RNA, each structure is processed to identify
+                       distinct RNA helices and rendered in the same way as the <a
+                       href="rnahelicesColouring.html">RNA Helices shading scheme</a>. <em>Structure based sequence shading was added in Jalview 2.8.2</em></li>
                <li>The colour scheme can display a colour gradient from a colour
                        representing the minimum value in the selected annotation to a colour
                        representing the maximum value in the selected annotation. Use the