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more informative clustal colourscheme doco.
[jalview.git] / help / html / colourSchemes / clustal.html
diff --git a/help/html/colourSchemes/clustal.html b/help/html/colourSchemes/clustal.html
index 6554643..7241e32 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/clustal.html
+++ b/help/html/colourSchemes/clustal.html
@@ -1,5 +1,5 @@
 <html>\r
-<head>\r
+<head><title>Clustal Colour Scheme</title>\r
 <style type="text/css">\r
 <!--\r
 td {\r
@@ -10,15 +10,36 @@ td {
 </head>\r
 \r
 <body>\r
-<p><em>Clustal X</em></p>\r
-<div align="center"> \r
-  <p>Clustal X is a graphical interface for the ClustalW multiple sequence alignment \r
-    program. Sequences can be colored either by assigning a color to specific \r
-    residues, or on the basis of an alignment consensus. The residues in each \r
-    column are colored according to the consensus character assigned to that column. \r
-    In this way, you can choose to highlight, for example, conserved hydrophylic \r
-    or hydrophobic positions in the alignment. </p>\r
-  <p></p>\r
-</div>\r
+<p><em>Clustal X Colour Scheme</em></p>\r
+  <p>This is an emulation of the default colourscheme used for alignments in 
+  Clustal X, a graphical interface for the ClustalW multiple sequence alignment\r
+    program. Each residue in the alignment is assigned a colour if the 
+    amino acid profile of the alignment at that position 
+    meets some minimum criteria specific for the residue type.</p>
+    <p>The table below gives these criteria as clauses: {+X%,xx,y},
+     where X is the minimum percentage presence for any of the xx (or y) residue types.</p>\r
+<div align="center">\r
+  <p>&nbsp;</p><table border="1">\r
+<tr><th>Clustal X Default Colouring</th></tr>
+    <tr> \r
+      <td><table border="1">\r
+<tr><th>Residue at position</th><th>Applied Colour</th><th>{ Threshhold, Residue group }</th></tr>
+<tr><td>A,I,L,M,F,W,V</td><td bgcolor="#80a0f0">BLUE</td><td>{+60%, WLVIMAFCHP}</td></tr>
+<tr><td>R,K</td><td bgcolor="#f01505">RED</td><td>{+60%,KR},{+80%, K,R,Q}</td></tr>
+<tr><td>N</td><td bgcolor="#15c015">GREEN</td><td>{+50%, N}, {+85%, N,Y}</td></tr>
+<tr><td>C</td><td bgcolor="#80a0f0">BLUE</td>
+<td>{+60%, WLVIMAFCHP}</td></tr>
+<tr><td>C</td><td bgcolor="#f08080">PINK</td>
+<td>{100%, C}</td></tr>
+<tr><td>Q</td><td bgcolor="#15c015">GREEN</td><td>{+60%,KR},{+50%,QE},{+85%,Q,E,K,R}</td></tr>
+<tr><td>E</td><td bgcolor="#c048c0">MAGENTA</td><td>{+60%,KR},{+50%,QE},{+85%,E,Q,D}</td></tr>
+<tr><td>D</td><td bgcolor="#c048c0">MAGENTA</td><td>{+60%,KR}, {+85%, K,R,Q}, {+50%,ED}</td></tr>
+<tr><td>G</td><td bgcolor="#f09048">ORANGE</td><td>{+0%, G}</td></tr>
+<tr><td>H,Y</td><td bgcolor="#15a4a4">CYAN</td><td>{+60%, WLVIMAFCHP}, {+85%, W,Y,A,C,P,Q,F,H,I,L,M,V}<td></tr>
+<tr><td>P</td><td bgcolor="#c0c000">YELLOW</td><td>{+0%, P}</td></tr>
+<tr><td>S,T</td><td bgcolor="#15c015">GREEN</td><td>{+60%, WLVIMAFCHP}, {+50%, TS}, {+85%,S,T}</td></tr>
+</table>\r
+</td></tr></table>
+</div>
 </body>\r
 </html>\r