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Merge branch 'releases/Release_2_11_3_Branch'
[jalview.git] / help / html / colourSchemes / clustal.html
diff --git a/help/html/colourSchemes/clustal.html b/help/html/colourSchemes/clustal.html
deleted file mode 100755 (executable)
index 0e57626..0000000
--- a/help/html/colourSchemes/clustal.html
+++ /dev/null
@@ -1,62 +0,0 @@
-<html>
-<!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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--->
-<head><title>Clustal Colour Scheme</title>
-<style type="text/css">
-<!--
-td {
-       text-align: center;
-}
--->
-</style>
-</head>
-
-<body>
-<p><em>Clustal X Colour Scheme</em></p>
-  <p>This is an emulation of the default colourscheme used for alignments in 
-  Clustal X, a graphical interface for the ClustalW multiple sequence alignment
-    program. Each residue in the alignment is assigned a colour if the 
-    amino acid profile of the alignment at that position 
-    meets some minimum criteria specific for the residue type.</p>
-    <p>The table below gives these criteria as clauses: {+X%,xx,y},
-     where X is the minimum percentage presence for any of the xx (or y) residue types.</p>
-<div align="center">
-  <p>&nbsp;</p><table border="1">
-<tr><th>Clustal X Default Colouring</th></tr>
-    <tr> 
-      <td><table border="1">
-<tr><th>Residue at position</th><th>Applied Colour</th><th>{ Threshhold, Residue group }</th></tr>
-<tr><td>A,I,L,M,F,W,V</td><td bgcolor="#80a0f0">BLUE</td><td>{+60%, WLVIMAFCHP}</td></tr>
-<tr><td>R,K</td><td bgcolor="#f01505">RED</td><td>{+60%,KR},{+80%, K,R,Q}</td></tr>
-<tr><td>N</td><td bgcolor="#15c015">GREEN</td><td>{+50%, N}, {+85%, N,Y}</td></tr>
-<tr><td>C</td><td bgcolor="#80a0f0">BLUE</td>
-<td>{+60%, WLVIMAFCHP}</td></tr>
-<tr><td>C</td><td bgcolor="#f08080">PINK</td>
-<td>{100%, C}</td></tr>
-<tr><td>Q</td><td bgcolor="#15c015">GREEN</td><td>{+60%,KR},{+50%,QE},{+85%,Q,E,K,R}</td></tr>
-<tr><td>E</td><td bgcolor="#c048c0">MAGENTA</td><td>{+60%,KR},{+50%,QE},{+85%,E,Q,D}</td></tr>
-<tr><td>D</td><td bgcolor="#c048c0">MAGENTA</td><td>{+60%,KR}, {+85%, K,R,Q}, {+50%,ED}</td></tr>
-<tr><td>G</td><td bgcolor="#f09048">ORANGE</td><td>{+0%, G}</td></tr>
-<tr><td>H,Y</td><td bgcolor="#15a4a4">CYAN</td><td>{+60%, WLVIMAFCHP}, {+85%, W,Y,A,C,P,Q,F,H,I,L,M,V}</td></tr>
-<tr><td>P</td><td bgcolor="#c0c000">YELLOW</td><td>{+0%, P}</td></tr>
-<tr><td>S,T</td><td bgcolor="#15c015">GREEN</td><td>{+60%, WLVIMAFCHP}, {+50%, TS}, {+85%,S,T}</td></tr>
-</table>
-</td></tr></table>
-</div>
-</body>
-</html>