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Merge branch 'releases/Release_2_11_3_Branch'
[jalview.git] / help / html / colourSchemes / rnahelicesColouring.html
diff --git a/help/html/colourSchemes/rnahelicesColouring.html b/help/html/colourSchemes/rnahelicesColouring.html
deleted file mode 100644 (file)
index 2719d5d..0000000
--- a/help/html/colourSchemes/rnahelicesColouring.html
+++ /dev/null
@@ -1,51 +0,0 @@
-<html>
-<!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
- * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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-<head><title>RNA Helices Colouring</title></head>
-
-<body>
-<p><strong> RNA Helices Colouring </strong></p>
-<p>An RNA alignment loaded from a Stockholm file can be coloured 
-   based on its helices.  The helices are determined from the 
-   secondary structure line in the Stockholm file (#GC SS_cons) 
-   written in WUSS notation
-   that specifies base pairing. See <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Stockholm_format">
-   Wikipedia</a> or <a href="http://jalview-rnasupport.blogspot.com/2010/06/parsing-wuss-notation-of-rna-secondary.html">
-   Jalview RNA Support Blog</a> for more information about Stockholm files and WUSS notation.</p>
-Select &quot;Colour&quot; <strong>&#8594;</strong> &quot; 
-  By RNA Helices&quot; to colour the alignment by RNA helices. <br>
-  <br>
-<p><em>Features</em></p>
-<ul>
-<li>Colours are generated randomly for the number of helices present.  
-Reselect the "By RNA Helices" option to generate another set of random colors. </li>
-<li>Sequence logo is in <a href="purinepyrimidine.html">
-Purine/Pyrimidine colour scheme</a>. </li>
-<li>Line above the "Secondary Structure" line in annotation panel is WUSS notation present
-in the input file.</li>
-</ul>
-  
-  
-  
-  <div align="center">
-  <img src="rnahelicescoloring.png" width="600" height="140"> </div> 
- 
-
-</body>
-</html>