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Merge branch 'releases/Release_2_11_3_Branch'
[jalview.git] / help / html / colourSchemes / rnahelicesColouring.html
diff --git a/help/html/colourSchemes/rnahelicesColouring.html b/help/html/colourSchemes/rnahelicesColouring.html
deleted file mode 100644 (file)
index a989bfa..0000000
--- a/help/html/colourSchemes/rnahelicesColouring.html
+++ /dev/null
@@ -1,68 +0,0 @@
-<html>
-<!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b2)
- * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
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- * 
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- * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
- * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
- -->
-<head>
-<title>RNA Helices Colouring</title>
-</head>
-
-<body>
-  <p>
-    <strong> RNA Helices Colouring </strong>
-  </p>
-  <p>
-    An RNA alignment loaded from a Stockholm file can be coloured based
-    on its helices. The helices are determined from the secondary
-    structure line in the Stockholm file (#GC SS_cons) written in WUSS
-    notation that specifies base pairing. See <a
-      href="http://en.wikipedia.org/wiki/Stockholm_format">
-      Wikipedia</a> or <a
-      href="http://jalview-rnasupport.blogspot.com/2010/06/parsing-wuss-notation-of-rna-secondary.html">
-      Jalview RNA Support Blog</a> for more information about Stockholm
-    files and WUSS notation.
-  </p>
-  Select &quot;Colour&quot;
-  <strong>&#8594;</strong> &quot; By RNA Helices&quot; to colour the
-  alignment by RNA helices.
-  <br>
-  <br>
-  <p>
-    <em>Features</em>
-  </p>
-  <ul>
-    <li>Colours are generated randomly for the number of helices
-      present. Reselect the "By RNA Helices" option to generate another
-      set of random colors.</li>
-    <li>Sequence logo is in <a href="purinepyrimidine.html">
-        Purine/Pyrimidine colour scheme</a>.
-    </li>
-    <li>Line above the "Secondary Structure" line in annotation
-      panel is WUSS notation present in the input file.</li>
-  </ul>
-
-
-
-  <div align="center">
-    <img src="rnahelicescoloring.png" width="600" height="140">
-  </div>
-
-
-</body>
-</html>