git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
JAL-1360 updates to online help for user define colour scheme
[jalview.git] / help / html / colourSchemes / user.html
diff --git a/help/html/colourSchemes/user.html b/help/html/colourSchemes/user.html
index 9617bee..c180e85 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/user.html
+++ b/help/html/colourSchemes/user.html
@@ -1,39 +1,50 @@
 <html>
 <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
+ * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
  * 
  * This file is part of Jalview.
  * 
  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
- * 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
--->
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ -->
 <head><title>User Defined Colours</title></head>
 <body>
 <p><em>User Defined Colours</em></p>
-<p><img src="userDefined.gif" width="719" height="368"> </p>
+<p><img src="userDefined_java6.gif" width="719" height="368"> </p>
 <p>You may define any number of new colour schemes, each with a unique name. <br>
   <br>
-  Each of the residues in a new colour scheme may be assigned a new user defined 
-  colour. <br>
-  <br>
+  Each of the residues in a colour scheme may be assigned any chosen colour. <br>
+  Select one or more residues, then select the desired colour.<br/>
+  Use Ctrl-click to select multiple residues, or click then Shift-click to select a block.<br/>
+  Note that the currently selected buttons are highlighted by a lighter text colour.
+  <p>
+  The 'Case Sensitive' option allows you to choose distinct colours for upper and
+  lower case residue codes.
+  <p>
   Click &quot;Apply&quot; or &quot;OK&quot; to set your new colours on the active 
-  alignment window. </p>
-<p>Click &quot;Cancel&quot; to undo your changes if you pressed the &quot;Apply&quot; 
-  button. <br>
-  <br>
-  If you save your colour scheme with a unique name the colour scheme name will 
+  alignment window.<br/>
+   Click &quot;Cancel&quot; to undo your changes if you pressed the &quot;Apply&quot; 
+  button.
+  </p>
+  If you save your colour scheme with a unique name, the colour scheme name will 
   be added to the &quot;Colour&quot; menu on each new alignment window.<br>
   <br>
   Any saved colour schemes will be automatically loaded the next time you use 
   Jalview.</p>
+  Note: the screenshot shows the appearance when running Java version 6. For Java 7, only the Swatches colour chooser is
+  currently supported (for reasons of available screen space).
+  <p/>
 </body>
 </html>