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JAL-1264 help updates for show/hide annotations on
[jalview.git] / help / html / features / annotation.html
diff --git a/help/html/features/annotation.html b/help/html/features/annotation.html
index 0da3a88..49128c2 100755 (executable)
--- a/help/html/features/annotation.html
+++ b/help/html/features/annotation.html
@@ -1,22 +1,24 @@
 <html>
 <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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--->
+ -->
 <head><title>Alignment Annotation</title></head>
 <body>
 <p><strong>Alignment Annotation</strong></p>
@@ -44,16 +46,23 @@ menu, which is obtained by clicking anywhere on the annotation row labels
 area (below the sequence ID area).
 </p>
 <ul>
-  <li>Add New Row<br>
+  <li><strong>Add New Row</strong><br>
     <em>Adds a new, named annotation row (a dialog box will pop up for you to 
     enter the label for the new row). </em> </li>
-  <li>Hide Row<br>
+  <li><strong>Edit Label/Description</strong><br>
+    <em>This opens a dialog where you can change the name (displayed label), or the description
+    (as shown on the label tooltip) of the clicked annotation. </em> </li>
+  <li><strong>Hide This Row</strong><br>
     <em>Hides the annotation row whose label was clicked in order to bring up 
     the menu.</em> </li>
-  <li>Delete Row<br>
+  <li><strong>Hide All <em>&lt;label&gt;</em></strong><br>
+    <em>Hides all annotation rows whose label matches the one clicked. 
+    (This option is only shown for annotations that relate to individual sequences, 
+    not for whole alignment annotations. Since Jalview 2.8.2.)</em> </li>
+  <li><strong>Delete This Row</strong><br>
     <em>Deletes the annotation row whose label was clicked in order to bring up 
     the menu.</em> </li>
-  <li>Show All Hidden Rows<br>
+  <li><strong>Show All Hidden Rows</strong><br>
     <em>Shows all hidden annotation rows.</em> </li>
           <li><strong>Export Annotation</strong> <em>(Application only)</em><br>
        <em>Annotations can be saved to file or output to a text window in either the