Merge branch 'releases/Release_2_11_3_Branch'

[jalview.git] / help / html / features / bioJsonFormat.html
diff --git a/help/html/features/bioJsonFormat.html b/help/html/features/bioJsonFormat.html

deleted file mode 100644 (file)

index 09e4197..0000000
--- a/help/html/features/bioJsonFormat.html
+++ /dev/null
@@ -1,68 +0,0 @@
-<html>
-<!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
- * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
- * 
- * This file is part of Jalview.
- * 
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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- *  
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
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- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
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- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License
- * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
- * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
- -->
-<head>
-<title>BioJSON in Jalviwe</title>
-</head>
-<body>
-  <p>
-    <strong>BioJSON support in Jalview</strong>
-  </p>
-  <p>BioJSON is a JavaScript Object Notation (JSON) specification
-    for the representation and exchange of multiple sequence alignment
-    data.</p>
-  <p>Jalview 2.9 includes support for reading and writing BioJSON
-    v1.0 data directly, or embedded in HTML documents. It can also
-    generate HTML pages which employ the BioJS MSA viewer for
-    interactive display of BioJSON data.</p>
-  <p>
-    <strong>Finding out more about BioJSON</strong>
-  </p>
-  <p>
-    The BioJSON specification is published at <a
-      href="http://jalview.github.io/biojson/">http://jalview.github.io/biojson/</a>.
-  </p>
-  <p>
-    <strong>Jalview's Support for BioJSON v1.0</strong>
-  </p>
-  <p>It is currently possible to export an alignment view along with
-    the following additional data:</p>
-  <ul>
-    <li>Alignment Annotations</li>
-    <li>Alignment Features</li>
-    <li>Alignment Sequences</li>
-    <li>Color Scheme</li>
-    <li>Hidden Columns</li>
-    <li>Hidden Sequences</li>
-    <li>Sequence Groups</li>
-  </ul>
-  <p>
-    <strong>Jalview data not supported in BioJSON v1.0</strong>
-  </p>
-  <p>The following data are not currently preserved on export:</p>
-  <ul>
-    <li>Alignment Reference sequences</li>
-    <li>Representative sequence groups</li>
-    <li>Trees</li>
-    <li>3D Structures</li>
-  </ul>
-</body>
-</html>