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Merge branch 'features/JAL-2326_JOptionPane-refactoring' into develop
[jalview.git] / help / html / features / chimera.html
diff --git a/help/html/features/chimera.html b/help/html/features/chimera.html
index 1c0c469..5ae00af 100644 (file)
--- a/help/html/features/chimera.html
+++ b/help/html/features/chimera.html
@@ -1,7 +1,7 @@
 <html>
 <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b2)
- * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
  * 
  * This file is part of Jalview.
  * 
@@ -65,9 +65,19 @@
     number and chain code ([RES]Num:Chain). Moving the mouse over an
     associated residue in an alignment window highlights the associated
     atoms in the displayed structures. When residues are selected in the
-    Chimera window, they are highlighted on the alignment. For
-    comprehensive details of Chimera's commands, refer to the tool's
-    Help menu.
+    Chimera window, they are highlighted on the alignment.
+  <p>For comprehensive details of Chimera's commands, refer to the
+    tool's Help menu.</p>
+  <p>
+    <strong>Selecting residues in Jalview from Chimera</strong><br />
+    When a selection is highlighted in a Jalview window, use the
+    <em>Select&#8594;Select Highlighted Region</em> or press <em>B</em>
+    to add the mapped positions to the alignment window's column
+    selection.<br /> <em>Hint: Use your machine's 'switch
+      application' key combination (Alt-Tab on Windows and Linux,
+      Cmd-Tab on OSX) to quickly switch between UCSF Chimera and Jalview
+      before pressing 'B' to select highlighted regions.</em>
+  </p>
   <p>
     Basic screen operations (see <a
       href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/UsersGuide/mouse.html">Chimera