git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
Merge branch 'features/JAL-1605_html-svg-export' into develop
[jalview.git] / help / html / features / clarguments.html
diff --git a/help/html/features/clarguments.html b/help/html/features/clarguments.html
index 88657f8..2a040fe 100644 (file)
--- a/help/html/features/clarguments.html
+++ b/help/html/features/clarguments.html
@@ -1,21 +1,24 @@
 <html>
 <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
+ * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
  * 
  * This file is part of Jalview.
  * 
  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
- * 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
--->
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ -->
 <title>Jalview Command Line Arguments
 </title>
 <body>
@@ -50,7 +53,7 @@
                </td>
                <td>Set the colourscheme for the alignment. This can be any of
                the built-in colourschemes, a name of a predefined colourscheme
-               (defined in the jalview properties file), or an 'inline' colourscheme
+               (defined in the Jalview properties file), or an 'inline' colourscheme
                (see the applet's colour parameter for more information).</td>
  </tr>
        <tr>
@@ -123,6 +126,13 @@
                arguments have been processed</div>
                </td>
        </tr>
+ <tr>
+   <td>
+     <div align="center">-jabaws URL</div>
+   <td>
+     <div align="left">Specify the URL of the preferred JABAWS server</div>
+   </td>
+ </tr>
        <tr>
        <td>
                <div align="center">-vdoc VAMSAS DOCUMENT FILE/URL</div>
@@ -191,6 +201,10 @@
  <td><div align="center">-eps FILE</div></td>
  <td><div align="left">Create EPS file FILE from alignment.</div></td>
  </tr>
+ <tr> 
+ <td><div align="center">-svg FILE</div></td>
+ <td><div align="left">Create Scalable Vector Graphics file FILE from alignment.</div></td>
+ </tr>
  </table>
 </body>
 </html>