Merge branch 'releases/Release_2_11_3_Branch'
[jalview.git] / help / html / features / commandline.html
diff --git a/help/html/features/commandline.html b/help/html/features/commandline.html
deleted file mode 100644 (file)
index 6c6f3eb..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,52 +0,0 @@
-<html>
-<!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
- * 
- * This file is part of Jalview.
- * 
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
- * 
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
--->
-<head><title>Running Jalview from the command line</title></head>
-<body>
- <p><strong>Running Jalview from the command line</strong></p>
- <p>Jalview is most easily run from the command line if you have built
- it from source, or via the 'Jalview' executable created from the
- InstallAnywhere jalview installation. Both of these mechanisms allow
- true command line execution of jalview - allowing you to provide
- additional options.</p><p>
-The Java Webstart version of
- jalview can be executed from the command line using something like
- :
- <pre>javaws http://www.jalview.org/webstart/jalview.jnlp -open
- <em>yourFileName</em></pre>
- But, this is not guaranteed to work on all versions of webstart on all
- operating systems, and doesn't let you execute Jalview with any
- additional parameters.
- <p><strong>Running jalview from the InstallAnywhere
- installation</strong></p>
- <p>If you install with InstallAnywhere you can use several more commands. 
- However, if you call the application with the link provided by InstallAnywhere 
- any output from the application will be sent to output.txt, not standard 
- out.<br>
- The jalview application also requires a number of additional
- libraries on the class path. The command line below adds the Jalview
- installation's 'lib' directory to the list of directories that are
- searched for jars to be added to the classpath:</p>
-<pre>java -Djava.ext.dirs=$INSTALL_DIR$/lib -cp $INSTALL_DIR$/jalview.jar jalview.bin.Jalview -open [FILE] </pre>
- <p>Use '-help' to get more information on the <a
- href="clarguments.html">command line arguments</a> that Jalview
- accepts.</p>
- <p>&nbsp;</p>
- <p>&nbsp;</p>
- </body>
- </html>