git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
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Merge branch 'releases/Release_2_11_3_Branch'
[jalview.git] / help / html / features / commandline.html
diff --git a/help/html/features/commandline.html b/help/html/features/commandline.html
deleted file mode 100644 (file)
index e88120d..0000000
--- a/help/html/features/commandline.html
+++ /dev/null
@@ -1,65 +0,0 @@
-<html>
-<!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b2)
- * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
- * 
- * This file is part of Jalview.
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- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License
- * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
- * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
- -->
-<head>
-<title>Running Jalview from the command line</title>
-</head>
-<body>
-  <p>
-    <strong>Running Jalview from the command line</strong>
-  </p>
-  <p>Jalview is most easily run from the command line if you have
-    built it from source, or via the 'Jalview' executable created from
-    the InstallAnywhere Jalview installation. Both of these mechanisms
-    allow true command line execution of Jalview - allowing you to
-    provide additional options.</p>
-  <p>The Java Webstart version of Jalview can be executed from the
-    command line using something like :
-  <pre>javaws http://www.jalview.org/webstart/jalview.jnlp -open
- <em>yourFileName</em>
-  </pre>
-  But, this is not guaranteed to work on all versions of webstart on all
-  operating systems, and doesn't let you execute Jalview with any
-  additional parameters.
-  <p>
-    <strong>Running Jalview from the InstallAnywhere
-      installation</strong>
-  </p>
-  <p>
-    If you install with InstallAnywhere you can use several more
-    commands. However, if you call the application with the link
-    provided by InstallAnywhere any output from the application will be
-    sent to output.txt, not standard out.<br> The Jalview
-    application also requires a number of additional libraries on the
-    class path. The command line below adds the Jalview installation's
-    'lib' directory to the list of directories that are searched for
-    jars to be added to the classpath:
-  </p>
-  <pre>java -Djava.ext.dirs=$INSTALL_DIR$/lib -cp $INSTALL_DIR$/jalview.jar jalview.bin.Jalview -open [FILE] </pre>
-  <p>
-    Use '-help' to get more information on the <a
-      href="clarguments.html">command line arguments</a> that
-    Jalview accepts.
-  </p>
-  <p>&nbsp;</p>
-  <p>&nbsp;</p>
-</body>
-</html>