git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
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update author list in license for (JAL-826)
[jalview.git] / help / html / features / dasfeatures.html
diff --git a/help/html/features/dasfeatures.html b/help/html/features/dasfeatures.html
index e18e273..b29262b 100644 (file)
--- a/help/html/features/dasfeatures.html
+++ b/help/html/features/dasfeatures.html
@@ -1,7 +1,7 @@
 <html>
 <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
+ * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
  * 
  * This file is part of Jalview.
  * 
@@ -16,3 +16,47 @@
  * 
  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
 -->
+<head>
+<title>DAS Features</title>
+</head>
+
+<body>
+<p><strong>DAS Sequence Feature Retrieval</strong></p>
+<p>Jalview includes a client for retrieving sequences and their features via
+the <a href="http://www.biodas.org">Distributed Annotation System</a>.</p>
+<ol>
+       <li>Open the Feature Settings panel by selecting &quot;View -&gt;
+       Feature Settings...&quot;</li>
+       <li>Click on the &quot;<a href="dassettings.html">DAS Settings</a>&quot;
+       tabbed pane.</li>
+       <li>Select the sources to use for DAS feature retrieval, then
+       click the &quot;Fetch DAS Features&quot; button.
+       <ul>
+               <li>Cancelling Feature Retrieval<br>
+               Press the <strong>Cancel Fetch</strong> button to immediately stop
+               feature retrieval. This will not remove any features already added to
+               the alignment, but will halt any outstanding DAS requests.<em>The
+               cancel fetch button is of particular use when one or more DAS
+               annotation servers are not responding!</em>
+       </ul>
+       </li>
+</ol>
+<p>If your DAS source selection contains sources which use Uniprot
+accession ids, you will be asked whether Jalview should find Uniprot
+Accession ids for the given sequence names. It is important to realise
+that many DAS sources only use Uniprot accession ids, rather than
+Swissprot/Uniprot sequence names.<br>
+The <a href="../webservices/dbreffetcher.html">database reference
+fetcher</a> documentation describes how Jalview discovers what database
+references are appropriate for the sequences in the alignment.
+<ul>
+       <li><em>Note</em><br>
+       Please remember to save your alignment if either the start/end
+       numbering, or the sequence IDs were updated during the ID 
+       retrieval process.</li>
+</ul>
+<p>&nbsp;
+<p><em>DAS support was introduced in Jalview Version 2.1.</em></p>
+<p>&nbsp;
+</body>
+</html>