git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
jalview 2.5 documentation (still)
[jalview.git] / help / html / features / featuresFormat.html
diff --git a/help/html/features/featuresFormat.html b/help/html/features/featuresFormat.html
index 2e40a19..93ce408 100755 (executable)
--- a/help/html/features/featuresFormat.html
+++ b/help/html/features/featuresFormat.html
@@ -1,5 +1,21 @@
 <html>
-
+<!--
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * 
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+-->
 <head>
 <title>Sequence Features File</title>
 </head>
@@ -33,7 +49,7 @@ type has a text label, and a colour specification. This can be either:
        <li>A single colour specified as either a red,green,blue 24 bit
        triplet in hexadecimal (eg. 00ff00) or as comma separated numbers
        (ranging from 0 to 255))</li>
-       <li>A graduated colour specified as a &quot;|&quot; separated list
+       <li>A <a href="featureschemes.html">graduated colourscheme</a> specified as a &quot;|&quot; separated list
        of fields:<pre>
 &lt;mincolor&gt;|&lt;maxcolor&gt;|[absolute|]&lt;minvalue&gt;|&lt;maxvalue&gt;[|&lt;thresholdtype&gt;|[&lt;threshold value&gt;]]
 </pre>The fields are as follows
@@ -89,7 +105,7 @@ in order to attach it to the whole sequence. Non-positional features are
 shown in a tooltip when the mouse hovers over the sequence ID panel, and
 any embedded links can be accessed from the popup menu.
 <em>Scores</em><br>
-Scores can be associated with sequence features, and used to sort sequences or shade the alignment (this was added in jalview 2.4.X). The score field is optional, and malformed scores will be ignored.
+Scores can be associated with sequence features, and used to sort sequences or shade the alignment (this was added in jalview 2.5). The score field is optional, and malformed scores will be ignored.
 </p>
 <p>Feature annotations can be collected into named groups by
 prefixing definitions with lines of the form:<strong><pre>startgroup&#9;groupname</pre></strong>..