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JAL-1445 updated documentation and added link in whatsNew
[jalview.git] / help / html / features / featuresettings.html
diff --git a/help/html/features/featuresettings.html b/help/html/features/featuresettings.html
index c1d08a9..9526ed5 100755 (executable)
--- a/help/html/features/featuresettings.html
+++ b/help/html/features/featuresettings.html
@@ -1,20 +1,21 @@
 <html>
 <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
- * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
+ * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
  * 
  * This file is part of Jalview.
  * 
  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
- * 
+ *  
  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  * 
  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
 -->
 <head>
 <title>Sequence Feature Settings Dialog Box</title>
@@ -36,7 +37,31 @@ they are currently being displayed (only the ticked features and groups
 are displayed). <strong><em>You can change the colour or
 shading style used for a feature in the associated alignment by clicking
 on its colour box.</em></strong></p>
-<p><strong><em>Feature settings pop-up menu</em></strong><br>
+       <p>
+               <a name="selectbyfeature"><strong><em>Selecting
+                                       alignment columns by feature</em></strong></a><br> <strong>Double-clicking
+                       a feature type</strong> allows you to select columns in the alignment that
+               contain (or do not contain) features of that type. If a region of the
+               alignment is currently selected, then only features in the current
+               selection will be searched. The following keys affect the way in which
+               selections are made:
+       
+       <ul>
+               <li>Hold down <strong>Alt</strong> to select columns not
+                       containing features of a particular type.
+               </li>
+               <li>Hold down <strong>Shift</strong> to add columns to the
+                       current selection.
+               </li>
+               <li>Press <strong>Command/Windows key</strong> to toggle column
+                       selection state (XOR)
+               </li>
+       </ul>
+       Options are also provided in the feature's pop-up menu (see below).
+       <br />
+       <em>Select columns by feature was added in Jalview 2.8.1</em>
+       </p>
+  <p><strong><em>Feature settings pop-up menu</em></strong><br>
 <strong>Right-click</strong> on a feature to open a pop-up menu that
 allows you to sort the alignment or current selection using that feature
 type (see below), or toggle the type of colouring used for the feature.