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JAL-1368 JAL-1863 JAL-1304 reformatting and revision of wording, clarify RNA secondar...
[jalview.git] / help / html / features / hiddenRegions.html
diff --git a/help/html/features/hiddenRegions.html b/help/html/features/hiddenRegions.html
index 3bfa293..48d205f 100644 (file)
--- a/help/html/features/hiddenRegions.html
+++ b/help/html/features/hiddenRegions.html
@@ -1,21 +1,24 @@
 <html>
 <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
- * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
  * 
  * This file is part of Jalview.
  * 
  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
- * 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
--->
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ -->
 <head>
 <title>Hidden Regions</title>
 </head>
@@ -38,14 +41,14 @@ web service alignments performed on visible sequences.</p>
 A more advanced hide involves a right-mouse click on a sequence, then
 selecting <strong>&quot;SequenceID -&gt; Represent Group with
 SequenceId&quot;</strong>. Using this method of hiding sequences, any edits
-performed on the visible group representative will be propogated to all
+performed on the visible group representative will be propagated to all
 the sequences in that group. <br>
 The hidden representative sequences will not be used in any calculations
 or web service alignments (<em>nb. this may change in the future</em>).
 <p><strong><em>Hidden Sequence Representatives and
 Multiple Views</em></strong><br>
 <em>A word of warning: hidden representative sequence groups are
-(still) only partly implemented in the jalview 2.5 release, and we hope
+(still) only partly implemented in the Jalview 2.5 release, and we hope
 to deal with the following issues in the future.</em><br>
 Currently, represented hidden groups are only made correctly if there is
 just one alignment view. When multiple views on an alignment exist, then
@@ -75,7 +78,7 @@ constraints apply:
        alignment</a></strong> and <strong><a href="../calculations/pca.html">PCA</a></strong>
        calculations will only be performed using the <em>visible</em> parts of
        the alignment.</li>
-       <li><a href="../webservices/msaclient.html">Multiple Sequence
+       <li><a href="../webServices/msaclient.html">Multiple Sequence
        Alignments</a> are performed locally on on each visible chunk of the input,
        and concatenated with the hidden regions to form the final result.
 </p>