git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
2.1 updates
[jalview.git] / help / html / features / hiddenRegions.html
diff --git a/help/html/features/hiddenRegions.html b/help/html/features/hiddenRegions.html
index d1dc5f0..511d80e 100644 (file)
--- a/help/html/features/hiddenRegions.html
+++ b/help/html/features/hiddenRegions.html
@@ -1,6 +1,36 @@
 <html>\r
 <head><title>Hidden Regions</title></head>\r
 <body>\r
-Now you see them, now you dont \r
+<p><strong>Hidden Regions</strong> </p>\r
+<p>To <strong>hide selected sequences </strong>from an alignment, use the &quot;View \r
+  -&gt; Hide -&gt; Selected Sequences&quot; menu item or simply select &quot;Hide \r
+  Sequences&quot; from the Popup menu after a right click on the sequence Ids. \r
+</p>\r
+<p>Hidden sequences will not be used in any calculations, editing or web service \r
+  alignments performed on visible sequences. </p>\r
+<p>A more advanced hide involves a right-mouse click on a sequence, then selecting \r
+  &quot;SequenceID -&gt; Represent Group with SequenceId&quot;. Using this method \r
+  of hiding sequences, any edits performed on the visible group representative \r
+  will be propogated to all the sequences in that group. <br>\r
+  The hidden sequences will not be used in any calculations or web service alignments. \r
+</p>\r
+<p>&nbsp;</p>\r
+<p>To <strong>hide selected columns</strong> from an alignment, use the &quot;View \r
+  -&gt; Hide -&gt; Selected Columns&quot; menu item, or right click within a region \r
+  of selected columns in the scale above the alignment (only available in non \r
+  wrapped mode) and select &quot;Hide Columns&quot;. </p>\r
+<p>Hidden columns will not be used in any calculations. This allows you to eg. \r
+  create trees from the visible alignment and ignore any poorly aligned sections \r
+  of the alignment, without cutting and deleting them permanently from your alignment.<br>\r
+  It is possible to retrieve the input data to any trees, PCA analysis windows \r
+  which were created from alignments containing hidden columns by using the &quot;File \r
+  -&gt; Input Data...&quot; menu item from the tree window. </p>\r
+<p> Editing the alignment is bound by the hidden columns, ie you cannot move residues \r
+  across a hidden column boundary.</p>\r
+<p>Any web service alignments performed on sequences which contain hidden columns \r
+  send the alignment as a series of chunks delimited by the hidden columns. </p>\r
+<p>&nbsp;</p>\r
+<p>&nbsp;</p>\r
+<p>&nbsp;</p>\r
 </body>\r
 </html>\r