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Merge branch 'releases/Release_2_11_3_Branch'
[jalview.git] / help / html / features / hiddenRegions.html
diff --git a/help/html/features/hiddenRegions.html b/help/html/features/hiddenRegions.html
deleted file mode 100644 (file)
index 27f5682..0000000
--- a/help/html/features/hiddenRegions.html
+++ /dev/null
@@ -1,37 +0,0 @@
-<html>\r
-<head><title>Hidden Regions</title></head>\r
-<body>\r
-<p><strong>Hidden Regions</strong> </p>\r
-<p>Use the keyboard key &quot;H&quot; to hide / reveal selected columns and sequences.</p>\r
-<p>To <strong>hide selected sequences </strong>from an alignment, use the &quot;View \r
-  -&gt; Hide -&gt; Selected Sequences&quot; menu item or simply select &quot;Hide \r
-  Sequences&quot; from the Popup menu after a right click on the sequence Ids. \r
-</p>\r
-<p>Hidden sequences will not be used in any calculations, editing or web service \r
-  alignments performed on visible sequences. </p>\r
-<p>A more advanced hide involves a right-mouse click on a sequence, then selecting \r
-  &quot;SequenceID -&gt; Represent Group with SequenceId&quot;. Using this method \r
-  of hiding sequences, any edits performed on the visible group representative \r
-  will be propogated to all the sequences in that group. <br>\r
-  The hidden sequences will not be used in any calculations or web service alignments. \r
-</p>\r
-<p>&nbsp;</p>\r
-<p>To <strong>hide selected columns</strong> from an alignment, use the &quot;View \r
-  -&gt; Hide -&gt; Selected Columns&quot; menu item, or right click within a region \r
-  of selected columns in the scale above the alignment (only available in non \r
-  wrapped mode) and select &quot;Hide Columns&quot;. </p>\r
-<p>Hidden columns will not be used in any calculations. This allows you to eg. \r
-  create trees from the visible alignment and ignore any poorly aligned sections \r
-  of the alignment, without cutting and deleting them permanently from your alignment.<br>\r
-  It is possible to retrieve the input data to any trees, PCA analysis windows \r
-  which were created from alignments containing hidden columns by using the &quot;File \r
-  -&gt; Input Data...&quot; menu item from the tree window. </p>\r
-<p> Editing the alignment is bound by the hidden columns, ie you cannot move residues \r
-  across a hidden column boundary.</p>\r
-<p>Any web service alignments performed on sequences which contain hidden columns \r
-  send the alignment as a series of chunks delimited by the hidden columns. </p>\r
-<p>&nbsp;</p>\r
-<p>&nbsp;</p>\r
-<p>&nbsp;</p>\r
-</body>\r
-</html>\r