JAL-1139 specified SHA1WithRSA for sig algorithm and removed Jmols original selfsigne...
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index 014de2e..ca3b32e 100755 (executable)
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 <html>
 <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
+ * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
  * 
  * This file is part of Jalview.
  * 
  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
- * 
+ *  
  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
@@ -143,6 +143,11 @@ style for EPS export:
        make an EPS file.</li>
 </ul>
 </p>
+<p><em>Automatically set ID width</em><br>
+When enabled, the column containing sequence and annotation labels at the left hand side of an exported figure will be made large enough to display each sequence ID and annotation label in its own line. Enable this if you have particularly long sequence IDs and need to generate EPS or PNG figures or web pages.</p>
+<p><em>Figure ID column width</em><br>
+Manually specify the width of the left hand column where sequence IDs and annotation labels will be rendered in exported alignment figures. This setting will be ignored if <em>&quot;Automatically set ID width&quot;</em> is set.
+</p>
 <p><em>Sequence//Start-End Numbering</em><br>
 The output tab also has a group of checkboxes for each file format. If
 these are ticked, then Jalview will write files with the start and end