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Merge branch 'features/JAL-1667_1668-documentation' into Release_2_8_3_Branch
[jalview.git] / help / html / features / seqfetch.html
diff --git a/help/html/features/seqfetch.html b/help/html/features/seqfetch.html
index 6f4363b..68c5520 100755 (executable)
--- a/help/html/features/seqfetch.html
+++ b/help/html/features/seqfetch.html
@@ -1,7 +1,7 @@
 <html>
 <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
- * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
  * 
  * This file is part of Jalview.
  * 
@@ -25,7 +25,7 @@
 <body>
 <p><strong>Sequence Fetcher</strong></p>
 <p>Jalview can retrieve sequences from certain databases using either the
-WSDBFetch service provided by the European Bioinformatics Institute, and, since Jalview 2.4, DAS servers capable of the <em>sequence</em> command (configured in <a href="dassettings.html">DAS settings</a>).</p>
+WSDBFetch service provided by the European Bioinformatics Institute, or, since Jalview 2.4, DAS servers capable of the <em>sequence</em> command (configured in <a href="dassettings.html">DAS settings</a>).</p>
        <img src="seqfetcher.gif" align="center"
                alt="The Jalview Sequence Fetcher Dialog Box">
        <p>The Sequence Fetcher dialog box can be opened via the &quot;File&quot; 
@@ -49,6 +49,7 @@ WSDBFetch service provided by the European Bioinformatics Institute, and, since
   one or more accession ids (as a semi-colon separated list), or press the 
   &quot;Example&quot; button to paste the example accession for the currently selected database into the retrieval box.
    Finally, press &quot;OK&quot; to initiate the retrieval.</p>
+   <p>Since Jalview 2.x.x if  PDB is selected as the sequence database, a specialised interface - <a href="pdbsequencefetcher.html">PDB Sequence Fetcher</a>  is used for discovering and retrieving the sequenec data. </p>
        <p><strong>Specifying chains for PDB IDs</strong>
   If you are retrieving sequences from the PDB, you can retrieve
   specific chains by appending a colon and the chain id to the PDB