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Merge branch 'features/JAL-1667_1668-documentation' into Release_2_8_3_Branch
[jalview.git] / help / html / features / seqfetch.html
diff --git a/help/html/features/seqfetch.html b/help/html/features/seqfetch.html
index d4a00f1..68c5520 100755 (executable)
--- a/help/html/features/seqfetch.html
+++ b/help/html/features/seqfetch.html
@@ -1,28 +1,31 @@
 <html>
 <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
- * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
  * 
  * This file is part of Jalview.
  * 
  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
  *  
  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
--->
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ -->
 <head>
 <title>Sequence Fetcher</title>
 </head>
 <body>
 <p><strong>Sequence Fetcher</strong></p>
 <p>Jalview can retrieve sequences from certain databases using either the
-WSDBFetch service provided by the European Bioinformatics Institute, and, since Jalview 2.4, DAS servers capable of the <em>sequence</em> command (configured in <a href="dassettings.html">DAS settings</a>).</p>
+WSDBFetch service provided by the European Bioinformatics Institute, or, since Jalview 2.4, DAS servers capable of the <em>sequence</em> command (configured in <a href="dassettings.html">DAS settings</a>).</p>
        <img src="seqfetcher.gif" align="center"
                alt="The Jalview Sequence Fetcher Dialog Box">
        <p>The Sequence Fetcher dialog box can be opened via the &quot;File&quot; 
@@ -46,6 +49,7 @@ WSDBFetch service provided by the European Bioinformatics Institute, and, since
   one or more accession ids (as a semi-colon separated list), or press the 
   &quot;Example&quot; button to paste the example accession for the currently selected database into the retrieval box.
    Finally, press &quot;OK&quot; to initiate the retrieval.</p>
+   <p>Since Jalview 2.x.x if  PDB is selected as the sequence database, a specialised interface - <a href="pdbsequencefetcher.html">PDB Sequence Fetcher</a>  is used for discovering and retrieving the sequenec data. </p>
        <p><strong>Specifying chains for PDB IDs</strong>
   If you are retrieving sequences from the PDB, you can retrieve
   specific chains by appending a colon and the chain id to the PDB