JAL-2944 revised docs and structure chooser screen shots
[jalview.git] / help / html / features / uniprotsequencefetcher.html
index 7dd6cb2..4a64f52 100644 (file)
   <p>
     <strong>Searching the UniProt Database</strong>
   </p>
-  <p>
-    To search UniProt, simply begin typing in the text box. After a
-    short delay (about 1.5 seconds), results will be shown in the table
-    below. You can sort results by clicking on the displayed columns,
+  <p>To search UniProt, simply begin typing in the text box. If the
+    'autosearch' check box is enabled, then after a short delay (about
+    1.5 seconds), results will be shown in the table below. Results are
+    also updated whenever you press Enter, and you can access previous
+    searches by pressing the 'Down' arrow or clicking the drop-down menu
+    icon at the side of the search box.</p>
+  <p>You can sort results by clicking on the displayed columns,
     and select entries with the mouse or keyboard. Once you have
     selected one or more entries, hit the <strong>OK</strong> button to
     retrieve the sequences.
 
 
     <li><strong>Bulk UniProt record retrieval</strong><br> To
-      retrieve several uniprot accessions at once, first select <strong>UniProt
-        ID</strong> from the dropdown menu, then paste in the accession IDs as a
-      semi-colon separated list. (e.g. fila_human; mnt_human;
-      mnt_mouse).<br />Hitting Return or OK will automatically fetch
-      those IDs, like the default Sequence Fetcher interface.</li>
+      retrieve sequences for a list of Uniprot accessions, please enter
+      them via the 'Retrieve IDs' tab.</li>
 
-    <li><strong><a name="text-search">Complex queries with the UniProt query
-        Syntax</a></strong> The text box also allows complex queries to be entered.
-      The table below provides a brief overview of the supported syntax
-      (see <a href="uniprotqueryfields.html">query fields for
-        UniProtKB</a>):
+    <li><strong><a name="text-search">Complex queries
+          with the UniProt query Syntax</a></strong> The text box also allows complex
+      queries to be entered. The table below provides a brief overview
+      of the supported syntax (see <a href="uniprotqueryfields.html">query
+        fields for UniProtKB</a>):
       <table border="1" width="95%">
         <tr>
           <td><code>human antigen</code></td>