Merge branch 'features/JAL-1605_html-svg-export' into develop
[jalview.git] / help / html / features / varna.html
index 9cf574a..290135c 100644 (file)
@@ -1,34 +1,36 @@
 <html>
 <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
- * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
+ * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
  * 
  * This file is part of Jalview.
  * 
  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
  *  
  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
--->
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ -->
 <head>
 <title>The VARNA RNA Viewer</title>
 </head>
 <body>
 <p><strong>The VARNA RNA Viewer</strong></p>
-<p>Since Jalview
-2.7.1, <a href="http://varna.lri.fr/index.html">VARNA</a> has been
-integrated into Jalview for interactively viewing structures opened by
+<p><a href="http://varna.lri.fr/index.html">VARNA</a> was
+integrated into Jalview 2.8 to allow interactive viewing of RNA secondary structure annotation. It is opened by
 selecting the <strong>&quot;Structure&#8594;View
 Structure:&quot;</strong> option in
 the <a href="../menus/popupMenu.html">sequence id pop-up menu</a> (if
 you can't see this, then no RNA structure is associated with your
-sequence or alignment. In the pop-up menu all structures that
+sequence or alignment). In the pop-up menu all structures that
 are associated with this sequence and all sequences that are
 associated with the alignment are available.
 
@@ -50,7 +52,7 @@ associated with the alignment are available.
     <b>Individual structures</b>:
     this is a structure associated with the individual sequence and therefore not related to the alignment    
   </li>
-
+</ul>
 <p><strong>Controls</strong><br>
 <ul>
 <li>Rotate view - Left Click and drag</li>