git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
2.3 updates
[jalview.git] / help / html / features / viewingpdbs.html
diff --git a/help/html/features/viewingpdbs.html b/help/html/features/viewingpdbs.html
index ef222b1..353ca09 100755 (executable)
--- a/help/html/features/viewingpdbs.html
+++ b/help/html/features/viewingpdbs.html
@@ -2,17 +2,21 @@
 <head><title>PDB Viewing</title></head>\r
 <body>\r
 <p><strong>Viewing PDB Structures</strong></p>\r
-<p>Jalview has a simple <a href="pdbviewer.html">3D structure viewer</a> which can visualize polypeptide backbone\r
-  structures associated with a sequence in an alignment. It is\r
-  accessed via the <strong>&quot;Sequence&#8594;View PDB\r
-  entry:&quot;</strong> entry from the sequence's <a\r
+<p>Jalview has a simple <a href="pdbviewer.html">3D structure viewer</a> which \r
+  can visualize polypeptide backbone structures associated with a sequence in \r
+  a particular alignment view. It is accessed via the <strong>&quot;Sequence&#8594;View \r
+  PDB entry:&quot;</strong> entry from the sequence's <a\r
   href="../menus/popupMenu.html">pop-up menu</a>.</p>\r
+<p>Since Jalview 2.3, Jmol has been integrated into the application and will also \r
+  run in the applet in all latest web browsers. For more help using Jmol, see \r
+  <a href="http://jmol.sourceforge.net/docs/JmolUserGuide/">http://jmol.sourceforge.net/docs/JmolUserGuide/</a> \r
+</p>\r
 <p>To associate PDB files with a sequence, right click on a sequence ID and select \r
   &quot;Associate Structure with Sequence&quot;, and one of the submenus:</p>\r
 <ul>\r
   <li>From File - You can load a PDB file from the local machine or network and \r
     associate it with the selected sequence. PDB files associated in this way \r
-    can be saved in the Jalview Archive file. <br>\r
+    will also be saved in the <a href="jalarchive.html">Jalview Archive file</a>. <br>\r
   </li>\r
   <li>Enter PDB Id - Jalview will use WSDBFetch, provided by the EBI, to fetch \r
     the PDB file with the entered Id.<br>\r
@@ -26,7 +30,12 @@
   service are automatically associated with their source database entry. For PDB \r
   sequences, simply select PDB as the database and enter your known PDB id (appended \r
   with ':' and a chain code, if desired).</p>\r
-<p>For help on viewing and colouring structures see the <a\r
-href="pdbviewer.html">PDB Viewer</a> help page. </p> </p>\r
+  <p>Sequences which have PDB File associations are annotated with sequence features \r
+  from the group 'PDBFile' giving the corresponding PDB Residue Number for each \r
+  mapped residue in the seuqence. The display of these features is controlled through\r
+  the <strong>&quot;View&#8594;Sequence Features&quot;</strong> menu item and the \r
+  <a href="featuresettings.html">Feature Settings dialog box</a>.</p> \r
+<p>See the <a\r
+href="pdbviewer.html">PDB Viewer</a> help page for more information. </p> </p>\r
 </body>\r
 </html>\r