Graphical bits moved into files to save jar size
[jalview.git] / help / html / index.html
index c9a98b0..1242248 100755 (executable)
@@ -1,14 +1,21 @@
-<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">\r
 <html>\r
-<head>\r
-<title>Untitled Document</title>\r
-<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">\r
-</head>\r
+<head><title>Home Page</title></head>\r
 \r
 <body>\r
-<h1 align="center"><br>\r
-  <img src="images/align.gif" width="200" height="80" align="baseline"> Jalview \r
-  Documentation </h1>\r
-<p align="center">Your guide to Jalview</p>\r
+<IMG src="align.gif"><font size="4">\r
+<br><br>\r
+<strong>Jalview Documentation</strong></font>\r
+<br><br>\r
+JalView (1999) is a fast Java multiple alignment editor and analysis tool. It\r
+features many of the functions of <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/Software/Amas/amas.html">AMAS</a>,\r
+for the analysis of sub-families and the prediction of functional sites, but is\r
+fully interactive.\r
+<p></p>\r
+<p> If you use JalView in your work, please cite the bioinformatics paper: </p>\r
+<p>Clamp, M., Cuff, J., Searle, S. M. and Barton, G. J. (2004), "The Jalview\r
+  Java Alignment Editor", Bioinformatics, 12, 426-7.</p>\r
+  <br>\r
+  <br>\r
+  For any queries relating to Jalview, contact help@jalview.org\r
 </body>\r
 </html>\r