optional display of database refs and non-positional features
[jalview.git] / help / html / index.html
index 460c5b9..adc1fa5 100755 (executable)
@@ -1,15 +1,18 @@
-<html>\r
-\r
-<body>\r
-<p><img src="images/align.gif" width="200" height="80"><font size="4"> <strong>Jalview\r
-  Documentation</strong></font></p>\r
-<p>&nbsp;</p>\r
-JalView (1999) is a fast Java multiple alignment editor and analysis tool. It\r
-features many of the functions of AMAS, for the analysis of sub-families and the\r
-prediction of functional sites, but is fully interactive.\r
-<p></p>\r
-<p> If you use JalView in your work, please cite the bioinformatics paper: </p>\r
-<p>Clamp, M., Cuff, J., Searle, S. M. and Barton, G. J. (2004), &quot;The Jalview\r
-  Java Alignment Editor&quot;, Bioinformatics, 12, 426-7.</p>\r
-</body>\r
-</html>\r
+<html>
+<head><title>Home Page</title></head>
+
+<body>
+<IMG src="align.jpg"><font size="4">
+<br><br>
+<strong>Jalview Documentation</strong></font>
+<br><br>
+Jalview (2004) is a fast Java multiple alignment editor and analysis tool. It
+features many of the functions of <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/Software/Amas/amas.html">AMAS</a>,
+for the analysis of sub-families and the prediction of functional sites, but is
+fully interactive. (View the <a href="http://www.jalview.org">Jalview homepage</a>).
+<p></p>
+<p> If you use Jalview in your work, please cite the bioinformatics paper: </p>
+<p>Clamp, M., Cuff, J., Searle, S. M. and Barton, G. J. (2004), "The Jalview
+  Java Alignment Editor", Bioinformatics, 20, 426-7.</p>
+</body>
+</html>