group/annotation association
[jalview.git] / help / html / index.html
index 60f0bb8..d7633bc 100755 (executable)
@@ -1,18 +1,19 @@
-<html>\r
-<head><title>Home Page</title></head>\r
-\r
-<body>\r
-<IMG src="align.gif"><font size="4">\r
-<br><br>\r
-<strong>Jalview Documentation</strong></font>\r
-<br><br>\r
-JalView (1999) is a fast Java multiple alignment editor and analysis tool. It\r
-features many of the functions of <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/Software/Amas/amas.html">AMAS</a>,\r
-for the analysis of sub-families and the prediction of functional sites, but is\r
-fully interactive.\r
-<p></p>\r
-<p> If you use JalView in your work, please cite the bioinformatics paper: </p>\r
-<p>Clamp, M., Cuff, J., Searle, S. M. and Barton, G. J. (2004), "The Jalview\r
-  Java Alignment Editor", Bioinformatics, 20, 426-7.</p>\r
-</body>\r
-</html>\r
+<html>
+<head><title>Home Page</title></head>
+
+<body>
+<IMG src="align.jpg"><font size="4">
+<br><br>
+<strong>Jalview Documentation</strong></font>
+<br><br>
+Jalview (2009) is a fast Java multiple alignment editor and analysis tool. It
+features many of the functions of <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/Software/Amas/amas.html">AMAS</a>,
+for the analysis of sub-families and the prediction of functional sites, but is
+fully interactive. (View the <a href="http://www.jalview.org">Jalview homepage</a>).
+<p></p>
+<p> If you use Jalview in your work, please cite the Jalview 2 paper in Bioinformatics: </p>
+<p>Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M., Barton, G.J (2009), <br>
+   &quot;Jalview version 2: A Multiple Sequence Alignment and Analysis Workbench,&quot;<br>
+   <em>Bioinformatics</em> <strong>25</strong> (9) 1189-1191 doi: 10.1093/bioinformatics/btp033
+</body>
+</html>