JAL-1544 typos/formatting in help (and Phylip added)
[jalview.git] / help / html / io / export.html
index e18e273..518729b 100755 (executable)
@@ -1,18 +1,62 @@
 <html>
 <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
+ * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
  * 
  * This file is part of Jalview.
  * 
  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
- * 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
--->
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ -->
+<head>
+<title>Exporting alignments as artwork</title>
+</head>
+<body>
+<p><strong>Exporting alignments as graphics and lineart<a name="export"></a></strong></p>
+<p>The alignment view can be printed using
+<strong>File&#8594;Print</strong>, or exported in a number of ways via the
+<strong>File&#8594;Export</strong> menu:
+<ul>
+<li>HTML<br><em>for viewing in a web browser</em>
+</li>
+<li>PNG - a Portable Networks Graphics image<br><em>For low quality
+diagrams and powerpoint presentations</em>
+</li>
+<li>EPS - an Encapsulated Postscript Document<br><em>For high quality
+diagrams and publications.</em>
+<li>SVG - a Scalable Vector Graphics document<br><em>For high quality
+diagrams in publications and on the web.</em>
+</li></ul>
+  
+<p><em>Tips for working with EPS Files</em></p>
+<li>The EPS file generated by jalview contains vector graphics which are directly 
+  editable in graphics applications such as Adobe Illustrator.</li>
+<li>EPS files can be produced as &quot;Text&quot; or &quot;Lineart&quot;. Use 
+  &quot;Text&quot; if you want the final document to be MUCH smaller in diskspace 
+  and be able to search, edit and select text. Use &quot;Lineart&quot; if you 
+  want an exact image of the alignment as displayed in Jalview. This is useful 
+  if a 3rd Party EPS viewer does not have the same Font which the EPS file was 
+  created with.</li>
+<li>When importing an EPS file into a Microsoft office document, a snapshot image of the
+  file will be displayed which often looks blurred. Right-click the
+  image and choose &quot;Edit image.&quot; to convert it to word
+  drawing objects which give a truer WYSIWIG representation.
+  </li>
+  <li>
+  Mac OSX users will find that eps files are automatically converted into
+  PDF files. 
+  </li>
+</p>
+</body>
+</html>