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[jalview.git] / help / html / io / index.html
index 332cdca..e18e273 100755 (executable)
@@ -1,35 +1,18 @@
-<html>\r
-<head><title>Input/Output</title></head>\r
-<body>\r
-<p><strong>Input</strong></p>\r
-<p>Jalview can read alignment files in any of the following standard formats:</p>\r
-<p><em>Fasta (Pearson), GCG-MSF, ALN/ClustalW, AMPS Block file, NBRF/PIR, Pfam/Stockholm</em></p>\r
-<p>The EBI has <a href="http://www.ebi.ac.uk/help/formats.html">examples</a> of\r
-  these file formats.</p>\r
-<p>Additionally, annotated whole sets of alignments and trees can be\r
-read from a <a href="../features/jalarchive.html">Jalview (jar)\r
-format</a> file using <strong>Desktop&#8594;Load\r
-Project</strong>. </p>\r
-<p>Use the <strong>Desktop&#8594;Input Alignment</strong> menu to read in files from:</p>\r
-<ul>\r
-  <li><strong>From File</strong>: the local file system</li>\r
-  <li><strong>From URL</strong>: the web (please use the full url)</li>\r
-  <li><strong>from Textbox</strong>: a copy and paste into the\r
-  &quot;Cut &amp; Paste&quot; text window</li>\r
-</ul>\r
-<p>Jalview will try to recognise the file type automatically (using\r
-some special <a href="fileformats.html">features</a>). If a\r
-file is of an unknown format or there is any other error reading the\r
-alignment file then you will be given an error message. If you think\r
-Jalview really should be able to read your file, then send an email\r
-containing the problem file to jalview@jalview.org.\r
-</p>\r
-<p><strong>Output</strong> </p>\r
-<p>Each alignment, whether it is the original or an edited version may be saved\r
-  in the standard formats using <strong>File&#8594;Save As</strong></p>\r
-<p><em>Fasta (Pearson), GCG-MSF, ALN/ClustalW, AMPS Block file, NBRF/PIR, Pfam/Stockholm</em></p>\r
-<p>You can also save the current set of alignments and their colours, annotations and\r
-trees in a Jalview archive file using <strong>Desktop&#8594;Save project</strong>. </p>\r
-<p>&nbsp;</p>\r
-</body>\r
-</html>\r
+<html>
+<!--
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * 
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+-->