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Merge branch 'releases/Release_2_11_3_Branch'
[jalview.git] / help / html / menus / alwcolour.html
diff --git a/help/html/menus/alwcolour.html b/help/html/menus/alwcolour.html
deleted file mode 100755 (executable)
index 3e93057..0000000
--- a/help/html/menus/alwcolour.html
+++ /dev/null
@@ -1,67 +0,0 @@
-<html>
-<!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
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--->
-<head><title>Alignment Window Menus</title></head>
-
-<body>
-<p><strong>Alignment Window Colour Menu</strong></p>
-  <ul>
-    <li><strong>Apply Colour To All Groups<br>
-      </strong><em>If this is selected, any changes made to the background colour 
-      will be applied to all currently defined groups.<br>
-      </em></li>
-      <li><strong><a href="../colourSchemes/textcolour.html">Colour
-  Text ...</a></strong><em><br>
-      Opens the Colour Text dialog box to set a different text colour for light and dark background, and the intensity threshold for transition between them.
-      </em></li>
-    <li>Colour Scheme options: <strong>None, ClustalX, Blosum62 Score, Percentage 
-      Identity, Zappo, Taylor, Hydrophobicity, Helix Propensity, Strand Propensity, 
-      Turn Propensity, Buried Index, Nucleotide, Purine/Pyrimidine, User Defined<br>
-      </strong> <em>See <a href="../colourSchemes/index.html">colours</a> for 
-      a description of all colour schemes.</em><br>
-    </li>
-    <li><strong>By Conservation<br>
-      </strong><em>See <a href="../colourSchemes/conservation.html">Colouring 
-      by Conservation</a>.</em><br>
-    </li>
-    <li><strong>Modify Conservation Threshold<br>
-      </strong><em>Use this to display the conservation threshold slider window. 
-      Useful if the window has been closed, or if the 'by conservation' option 
-      appears to be doing nothing!</em><br>
-    </li>
-    <li><strong>Above Identity Threshold<br>
-      </strong><em>See <a href="../colourSchemes/abovePID.html">Above Percentage 
-      Identity</a></em><strong>.<br>
-      </strong></li>
-    <li><strong>Modify Identity Threshold<br>
-      </strong><em>Use this to set the threshold value for colouring above Identity. 
-      Useful if the window has been closed.<br>
-      </em></li>
-    <li><strong>By Annotation</strong><br>
-      <em>Colours the alignment on a per-column value from a specified annotation. 
-      See <a href="../colourSchemes/annotationColouring.html">Annotation Colouring</a>.</em><br>
-    </li>
-    <li><strong>By RNA Helices</strong><br>
-               <em>Colours the helices of an RNA alignment loaded from a Stockholm file. See 
-               <a href="../colourSchemes/rnahelicesColouring.html">RNA Helices
-               Colouring</a>.</em><br>
-               </li>
-  </ul>
-</body>
-</html>