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Merge branch 'releases/Release_2_11_3_Branch'
[jalview.git] / help / html / menus / alwformat.html
diff --git a/help/html/menus/alwformat.html b/help/html/menus/alwformat.html
deleted file mode 100644 (file)
index 0c45d46..0000000
--- a/help/html/menus/alwformat.html
+++ /dev/null
@@ -1,56 +0,0 @@
-<html>
-<head>
-Alignment Window Menus
-</head>
-<body>
-<p><strong>Alignment Window Format Menu</strong></p>
-<ul>
-       <li><strong>Font...<br>
-       </strong><em>Opens the &quot;Choose Font&quot; dialog box, in order to
-       change the font of the display and enable or disable 'smooth fonts'
-       (anti-aliasing) for faster alignment rendering. </em></li>
-       <li><strong>Wrap<br>
-       </strong><em>When ticked, the alignment display is &quot;<a
-               href="../features/wrap.html">wrapped</a>&quot; to the width of the
-       alignment window. This is useful if your alignment has only a few
-       sequences to view its full width at once.<br>
-       Additional options for display of sequence numbering and scales are
-       also visible in wrapped layout mode:<br>
-       <ul>
-       <li><strong>Scale Above</strong><br>Show the alignment column position scale.</li>
-       <li><strong>Scale Left</strong><br>Show the sequence position for the first aligned residue in each row in the left column of the alignment.</li>
-       <li><strong>Scale Right</strong><br>Show the sequence position for the last aligned residue in each row in the right-most column of the alignment.</li>
-       </em></li>
-       <li><strong>Show Sequence Limits<br>
-       </strong><em>If this box is selected the sequence name will have the start
-       and end position of the sequence appended to the name, in the format
-       NAME/START-END</em></li>
-       <li><strong>Right Align Sequence ID<br>
-       </strong><em>If this box is selected then the sequence names displayed in
-       the sequence label area will be aligned against the left-hand edge of
-       the alignment display, rather than the left-hand edge of the alignment
-       window.</li>
-       <li><strong>Show Hidden Markers<br>
-       </strong><em>When this box is selected, positions in the alignment where
-       rows and columns are hidden will be marked by blue arrows.</li>
-       <li><strong>Boxes</strong><em><br>
-       If this is selected the background of a residue will be coloured using
-       the selected background colour. Useful if used in conjunction with
-       &quot;Colour Text.&quot; </em></li>
-       <li><strong>Text<br>
-       </strong><em>If this is selected the residues will be displayed using the
-       standard 1 character amino acid alphabet.</em></li>
-       <li><strong>Colour Text<br>
-       </strong><em>If this is selected the residues will be coloured according to
-       the background colour associated with that residue. The colour is
-       slightly darker than background so the amino acid symbol remains
-       visible. </em></li>
-       <li><strong>Show Gaps<br>
-       </strong><em>When this is selected, gap characters will be displayed as
-       &quot;.&quot; or &quot;-&quot;. If unselected, then gap characters will
-       appear as blank spaces. <br>
-       You may set the default gap character in <a
-               href="../features/preferences.html">preferences</a>.</em></li>
-</ul>
-</body>
-</html>