git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
To uppercase only visible
[jalview.git] / help / html / menus / desktopMenu.html
diff --git a/help/html/menus/desktopMenu.html b/help/html/menus/desktopMenu.html
index 29857b9..c99b64c 100755 (executable)
--- a/help/html/menus/desktopMenu.html
+++ b/help/html/menus/desktopMenu.html
@@ -1,8 +1,8 @@
 <html>\r
-<head><title>Desktop Menu</title></head>\r
+<head><title>Desktop Menus</title></head>\r
 \r
 <body>\r
-<p><strong>Desktop Menu</strong></p>\r
+<p><strong>Desktop Menus</strong></p>\r
 <ul>\r
   <li><strong>File</strong><em> </em> \r
     <ul>\r
@@ -17,13 +17,16 @@
             <em>copy and paste an alignment into a text window</em></li>\r
         </ul>\r
       </li>\r
+      <li><strong>Fetch Sequence<br>\r
+        </strong><em>Shows a dialog window in which you can select known ids from \r
+        Uniprot, EMBL, EMBLCDS or PDB database using Web Services provided by \r
+        the European Bioinformatics Institute.</em></li>\r
       <li><strong>Save Project</strong><br>\r
-        <em>Saves all currently open alignment windows with their current visible \r
-        settings as a Jalview File, with the .jar extension. Each alignment will \r
-        also save the currently active tree associated with the window, if one \r
-        exists. </em></li>\r
+        <em>Saves all currently open alignment windows with their current view \r
+        settings and any associated trees, as a <a href="../features/jalarchive.html">Jalview \r
+        Archive</a> (which has a .jar extension).</em></li>\r
       <li><strong>Load Project</strong><br>\r
-        <em>Loads Jalview file formatted alignments only. </em></li>\r
+        <em>Loads Jalview archives <strong>only</strong>.</em></li>\r
       <li><strong>Quit</strong><br>\r
         <em>Close Jalview. Warning - any annotations you have made on alignments \r
         will be lost unless you Save your work before quitting.</em><br>\r
@@ -40,12 +43,21 @@
   </li>\r
   <li><strong>Help </strong> \r
     <ul>\r
-      <li><strong>About, </strong></li>\r
+      <li><strong>About<br>\r
+        </strong><em>Displays the version and creation date of the application, \r
+        as well as acknowledgements and a citation reference. </em></li>\r
       <li><strong>Documentation<br>\r
+        </strong><em>Displays help files as a browseable, searchable set of pages \r
+        with a table of contents. </em><strong><br>\r
         </strong></li>\r
     </ul>\r
   </li>\r
-  <li><strong>Window</strong></li>\r
+  <li><strong>Window<br>\r
+    </strong><em>Each time a new window is added to the Jalview Desktop a new \r
+    menu item will be added to the &quot;Window&quot; menu. If you are working \r
+    with several alignments, trees or other types of windows use the &quot;Window&quot; \r
+    menu to bring your window of choice to the top of the pile if it has been \r
+    hidden by other windows. </em></li>\r
 </ul>\r
 </body>\r
 </html>\r