git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
Menus
[jalview.git] / help / html / menus / popupMenu.html
diff --git a/help/html/menus/popupMenu.html b/help/html/menus/popupMenu.html
index 10f8072..14dc178 100755 (executable)
--- a/help/html/menus/popupMenu.html
+++ b/help/html/menus/popupMenu.html
@@ -2,21 +2,61 @@
 <head><title>Popup Menu</title></head>\r
 \r
 <body>\r
-<p><strong>Popup Menu</strong></p>\r
-<p><em>Define </em></p>\r
+<p><strong>Popup Menu</strong><br>\r
+  <em>This menu is visible when right clicking either within a selected region \r
+  on the alignment or on a selected sequence name.</em></p>\r
 <ul>\r
-  <li>Group, </li>\r
-  <li>Remove Group</li>\r
-  <li>Group Colour</li>\r
-  <li>Boxes</li>\r
-  <li> Text</li>\r
-  <li>Colour Text</li>\r
-  <li>Border Colour </li>\r
-</ul>\r
-<p><em>Sequence</em> </p>\r
-<ul>\r
-  <li>Edit Name</li>\r
-  <li>View PDB Structure</li>\r
+  <li><strong>Define </strong> \r
+    <ul>\r
+      <li><strong>Group<br>\r
+        </strong><em>This will display a window asking for the name of the currently \r
+        selected group. Click OK to set the name, cancel to use the default group \r
+        name. </em><strong><br>\r
+        </strong></li>\r
+      <li><strong>Remove Group<br>\r
+        </strong><em>This will undefine the selected group. </em><strong> <br>\r
+        </strong></li>\r
+      <li><strong>Group Colour<br>\r
+        </strong><em>Sets the <a href="../colourSchemes/index.html">colour</a> \r
+        of the group.</em><strong> <br>\r
+        </strong></li>\r
+      <li><strong>Boxes<br>\r
+        </strong><em>If selected the background of a residue within the selected \r
+        group will be coloured according to the assigned colour scheme.</em><strong> \r
+        <br>\r
+        </strong></li>\r
+      <li><strong> Text<br>\r
+        </strong><em>If selected the selected group will display text. </em><strong><br>\r
+        </strong></li>\r
+      <li><strong>Colour Text<br>\r
+        </strong><em>If selected the selected group will display text in a colour \r
+        slightly darker than the background colour of that residue.</em><strong><br>\r
+        </strong></li>\r
+      <li><strong>Border Colour <br>\r
+        </strong><em>Selecting this will display a &quot;Colour Chooser&quot; \r
+        window. Select a colour than press OK to set the border colour of a group.</em><strong><br>\r
+        </strong></li>\r
+    </ul>\r
+  </li>\r
+  <li><strong>Sequence <br>\r
+    </strong><em>This menu is only visible if you right-click on a sequence name. \r
+    </em> \r
+    <ul>\r
+      <li><strong>Edit Name<br>\r
+        </strong><em>You may edit the name of each sequence. A window will be \r
+        displayed asking for a new sequence name to be entered. Press OK to accept \r
+        your edit.</em><strong><br>\r
+        </strong></li>\r
+      <li><strong>View PDB Structure<br>\r
+        </strong><em>In the current version you will first need to select &quot;View \r
+        -&gt; Sequence Features&quot; before associating a PDB file with a sequence. \r
+        <br>\r
+        If the sequence has a PDB file associated with it Jalview will display \r
+        a 3D interactive viewer of the file. </em><strong><br>\r
+        <br>\r
+        </strong></li>\r
+    </ul>\r
+  </li>\r
 </ul>\r
 </body>\r
 </html>\r