git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop
[jalview.git] / help / html / menus / popupMenu.html
diff --git a/help/html/menus/popupMenu.html b/help/html/menus/popupMenu.html
index 1eb2366..79e7ada 100755 (executable)
--- a/help/html/menus/popupMenu.html
+++ b/help/html/menus/popupMenu.html
@@ -25,10 +25,13 @@
 
 <body>
   <p>
-    <strong>Popup Menu</strong><br> <em>This menu is visible
-      when right clicking either within a selected region on the
-      alignment or on a selected sequence name. It may not be accessible
-      when in 'Cursor Mode' (toggled with the F2 key).</em>
+    <strong>Popup Menu</strong><br> <em>This menu is visible when
+      right clicking either within a selected region on the alignment or
+      on a selected sequence name. It may not be accessible when in
+      'Cursor Mode' (toggled with the F2 key).</em><br /> <em><strong>Mac Users:</strong> pressing CTRL whilst clicking
+        the mouse/track pad is the same as a right-click. See your
+        system's settings to configure your track-pad's corners to
+        generate right-clicks.</em>
   </p>
   <ul>
     <li><strong>Selection</strong>
@@ -144,9 +147,8 @@
             and sequence description to be entered. Press OK to accept
             your edit. To save sequence descriptions, you must save in
             Fasta, PIR or Jalview File format.</em></li>
-        <li><a href="sqaddrefannot"><strong>Add
-              Reference Annotations<br>
-          </strong><em>When enabled, copies any available alignment
+        <li><strong>Add <a href="../features/annotation.html#seqannots">Reference Annotations</a></strong><br>
+              <em>When enabled, copies any available alignment
               annotation for this sequence to the current view.</em></li>
         <li><strong>Set as Reference</strong> or <strong>Unmark
             as Reference</strong><br /> Sets or unsets the reference sequence for
@@ -172,13 +174,11 @@
       </ul></li>
     <li><strong>3D Structure Data...</strong> </strong><em>This menu is
         visible when you right-click on a sequence name. When this
-        option is clicked, Jalview will open a <a
-        href="../features/structurechooser.html"
-      >'Structure Chooser' </a> dialogue with options to select the
-        structure which will eventually be opened in a 3D interactive
-        view.<br> These entries will only be present if the
-        sequence has <a href="../features/viewingpdbs.html">associated
-          PDB structures</a>.
+        option is clicked, Jalview will open the <a
+        href="../features/structurechooser.html">'Structure
+          Chooser' </a>, which allows you to discover and view 3D structures
+        for the current selection. For more info, see <a
+        href="../features/viewingpdbs.html">viewing PDB structures</a>.
     </em></li>
     <li><strong>VARNA 2D Structure</strong><br />
     <em> If the sequence or alignment has RNA structure, then <strong>VARNA