git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
Merge branch 'releases/Release_2_11_3_Branch'
[jalview.git] / help / html / menus / wsmenu.html
diff --git a/help/html/menus/wsmenu.html b/help/html/menus/wsmenu.html
deleted file mode 100755 (executable)
index 7ee893b..0000000
--- a/help/html/menus/wsmenu.html
+++ /dev/null
@@ -1,56 +0,0 @@
-<html>
-<head><title>Web Service Menu</title></head>
-
-<body>
-<p><strong>Web Service Menu</strong></p>
-<ul>
-  <li><strong>Fetch DB References</strong><br>
-  <em>This will use any of the database services that Jalview is aware 
-  of (e.g. DAS sequence servers and the WSDBFetch service provided by the EBI)
-   to verify the sequence and retrieve all database cross references and PDB ids
-   associated with all or just the selected sequences in the alignment.</em><br>
-  </li>
-  </ul>
-    </strong> <em>Selecting one of the following menu items starts a remote service 
-  on compute facilities at the University of Dundee. You need a continuous network 
-  connection in order to use these services through Jalview. </em> </p>
-  <ul>
-  <li><strong>Alignment</strong> 
-    <ul>
-      <li><strong>ClustalW Multiple Sequence Alignment</strong><br>
-        <em> Submits all, or just the currently selected sequences for alignment 
-        with clustal W.</em></li>
-      <li><strong>ClustalW Multiple Sequence Alignment Realign</strong><br>
-        <em> Submits the alignment or currently selected region for re-alignment 
-        with clustal W. Use this if you have added some new sequences to an existing 
-        alignment.</em></li>
-      <li><strong>MAFFT Multiple Sequence Alignment</strong><br>
-        <em>Submits all, or just the currently selected region for alignment with 
-        MAFFT. </em> </li>
-      <li><strong>Muscle Multiple Protein Sequence Alignment</strong><br>
-        <em> Submits all, or just the currently selected sequences for alignment 
-        using Muscle. Do not use this if you are working with nucleic acid sequences.</em></li>
-    </ul>
-  </li>
-  <li><strong>Secondary Structure Prediction</strong> 
-    <ul>
-      <li><strong>JPred Secondary Structure Prediction</strong><br>
-        <em>Secondary structure prediction by network consensus. The behaviour 
-        of this calculation depends on the current selection: </em></li>
-      <li><em>If nothing is selected, and the displayed sequences appear to be 
-        aligned, then a JNet prediction will be run for the first sequence in 
-        the alignment, using the current alignment. Otherwise the first sequence 
-        will be submitted for prediction. </em></li>
-      <li><em>If just one sequence (or a region on one sequence) has been selected, 
-        it will be submitted to the automatic JNet prediction server for homolog 
-        detection and prediction. </em></li>
-      <li><em>If a set of sequences are selected, and they appear to be aligned, 
-        then the alignment will be used for a Jnet prediction on the <strong>first</strong> 
-        sequence in the set (that is, the one that appears first in the alignment 
-        window). </em> </li>
-    </ul>
-  </li>
-</ul>
-<p><strong> </strong></p>
-</body>
-</html>