git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
2.5 release doc
[jalview.git] / help / html / menus / wsmenu.html
diff --git a/help/html/menus/wsmenu.html b/help/html/menus/wsmenu.html
index a1df34a..bf07dd7 100755 (executable)
--- a/help/html/menus/wsmenu.html
+++ b/help/html/menus/wsmenu.html
@@ -3,16 +3,27 @@
 
 <body>
 <p><strong>Web Service Menu</strong></p>
-<p><strong><br>
-  </strong> <em>Selecting one of the following menu items starts a remote service 
-  on compute facilities at the University of Dundee. You need a continuous network 
-  connection in order to use these services through Jalview. </em> </p>
 <ul>
   <li><strong>Fetch DB References</strong><br>
-  <em>This will use the service WSDBFetch, provided by the EBI, to retrieve all 
-    uniprot database cross references and PDB ids associated with the selected sequences in 
-    the alignment if the sequences have valid Uniprot names or accession ids.</em><br>
+  <em>This will use any of the database services that Jalview is aware 
+  of (e.g. DAS sequence servers and the WSDBFetch service provided by the EBI)
+   to verify the sequence and retrieve all database cross references and PDB ids
+   associated with all or just the selected sequences in the alignment.
+   <br/>'Standard Databases' will check sequences against the EBI databases 
+   plus any active DAS sequence sources, or you can verify against a specific 
+   source from one of the sub-menus.</em><br>
+  </li>
+  <li><strong>Envision2 Services</strong><br/>
+  Submits one or more sequences, sequence IDs or database references to analysis workflows provided 
+by the <a href="http://www.ebi.ac.uk/enfin-srv/envision2">EnVision2
+web application</a>. This allows Jalview users to easily access the EnCore network of
+databases and analysis services developed by members of <a href="http://www.enfin.org">ENFIN</a>.
   </li>
+  </ul>
+    </strong> <em>Selecting one of the following menu items starts a remote service 
+  on compute facilities at the University of Dundee. You need a continuous network 
+  connection in order to use these services through Jalview. </em> </p>
+  <ul>
   <li><strong>Alignment</strong> 
     <ul>
       <li><strong>ClustalW Multiple Sequence Alignment</strong><br>
@@ -20,8 +31,7 @@
         with clustal W.</em></li>
       <li><strong>ClustalW Multiple Sequence Alignment Realign</strong><br>
         <em> Submits the alignment or currently selected region for re-alignment 
-        with clustal W. Use this if you have added some new sequences to an existing 
-        alignment.</em></li>
+        with clustal W. This enables you to align more sequences to an existing alignment.</em></li>
       <li><strong>MAFFT Multiple Sequence Alignment</strong><br>
         <em>Submits all, or just the currently selected region for alignment with 
         MAFFT. </em> </li>