JAL-3224 JAL-3225 Some fixes in install4j template and build.gradle, and a correction...
[jalview.git] / help / html / misc / aaproperties.html
index f424fe9..b53f6ef 100755 (executable)
@@ -1,30 +1,66 @@
-<html>\r
-<head><title>Amino Acid Properties</title>\r
-</head>\r
-<body><div align="center">\r
-<h1>Amino Acid Properties</h1>\r
-  <img src="properties.gif"></div>\r
-<p><br>\r
-  Adapted from Livingstone, C. D. and Barton, G. J. (1993), <br>\r
-  "Protein Sequence Alignments: A Strategy for the Hierarchical Analysis of Residue\r
-  Conservation", Comp. Appl. Bio. Sci., 9, 745-756. </p>\r
-<div align="center">\r
-  <table width="295" border="1" cellspacing="0" cellpadding="0">\r
-    <tr>\r
-      <td width="291"><pre><font size="4" face="Courier New, Courier, mono"><strong>ILVCAGMFYWHKREQDNSTPBZX-</strong>\r
-XXXXXXXXXXX&middot;ยท&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;X&middot;&middot;&middot;XX Hydrophobic\r
-&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XXXXXXXXXX&middot;XXXXX Polar\r
-&middot;&middot;XXXX&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XXXXX&middot;&middot;XX Small\r
-&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;X&middot;&middot;XX Proline\r
-&middot;&middot;&middot;&middot;XX&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;X&middot;&middot;&middot;&middot;XX Tiny\r
-XXX&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XX Aliphatic\r
-&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XXXX&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XX Aromatic\r
-&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XXX&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XX Positive\r
-&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;X&middot;X&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XX Negative\r
-&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XXXX&middot;X&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XX Charged</font></pre></td>\r
-    </tr>\r
-  </table>\r
-  <pre>&nbsp;</pre>\r
-</div>\r
-</body>\r
-</html>\r
+<html>
+<!--
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ -->
+<head>
+<style>
+body {
+    font-size: 100%;
+}
+table {
+    border: solid;
+    border-collapse: separate;
+}
+th, td {
+    border-style:none;
+    font-family: "Courier New", Courier, mono;
+    font-size: large;
+}
+</style><title>Amino Acid Properties</title>
+</head>
+<body>
+  <div align="center">
+    <h1>Amino Acid Properties</h1>
+    <img src="properties.gif"> <br>
+    <table>
+    <tr><th>ILVCA</th><th>GMFYW</th><th>HKREQ</th><th>DNSTP</th><th>BZX-</th><th></th></tr>
+      <tr><td>XXXXX</td><td>XXXXX</td><td>XX&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;&middot;X&middot;</td><td>&middot;&middot;XX</td><td>Hydrophobic</td></tr>
+<tr><td>&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;&middot;XX</td><td>XXXXX</td><td>XXXX&middot;</td><td>XXXX</td><td>Polar</td></tr>
+<tr><td>&middot;&middot;XXX</td><td>X&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>XXXXX</td><td>&middot;&middot;XX</td><td>Small</td></tr>
+<tr><td>&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;&middot;&middot;X</td><td>&middot;&middot;XX</td><td>Proline</td></tr>
+<tr><td>&middot;&middot;&middot;&middot;X</td><td>X&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;X&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;XX</td><td>Tiny</td></tr>
+<tr><td>XXX&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;XX</td><td>Aliphatic</td></tr>
+<tr><td>&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;XXX</td><td>X&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;XX</td><td>Aromatic</td></tr>
+<tr><td>&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>XXX&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;XX</td><td>Positive</td></tr>
+<tr><td>&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;&middot;X&middot;</td><td>X&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;XX</td><td>Negative</td></tr>
+<tr><td>&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>XXXX&middot;</td><td>X&middot;&middot;&middot;&middot;</td><td>&middot;&middot;XX</td><td>Charged</td></tr>
+    </table>
+    </font>
+  </div>
+  <p>
+    <br> From Livingstone, C. D. and Barton, G. J. (1993), <br>
+    "Protein Sequence Alignments: A Strategy for the Hierarchical
+    Analysis of Residue Conservation", Comp. Appl. Bio. Sci., 9,
+    745-756.
+  </p>
+  <br>
+  </div>
+</body>
+</html>