JAL-2533 updated unit test to reflect improvement
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index 673faee..18f8f43 100755 (executable)
@@ -81,7 +81,15 @@ li:before {
           <li><!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy scripts</li>
           <li><!--  JAL-2491 -->linked scrolling of CDS/Protein views via Overview or sequence motif search operations</li>
           <li><!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting with alignment and overview windows</li>
-          <li><!--  --></li>          
+            <li>
+              <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
+              Stockholm files imported as sequence associated annotation
+            </li>
+            <li>
+              <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
+              extension when importing structure files without embedded
+              names or PDB accessions
+            </li>
           </ul>
           <em>Application</em>
           <ul>
@@ -166,17 +174,24 @@ li:before {
           <li><!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get shown again after pressing 'Cancel'</li>
           <li><!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions removed from console output</li>
           <li><!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered when alignment view imported from project</li> 
-          
+          <li><!-- JAL-2465 -->No mappings generated between structure and sequences extracted from structure files imported via URL</li>
+            <li>
+              <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
+              Jalview Projects rather than fetched via URL again when
+              the project is loaded and the structure viewed
+            </li>
           </ul>
           <em>Applet</em>
           <ul>
           <li><!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on overview or linked structure view</li> 
           <li><!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't work (since 2.8)</li>
+          <li><!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying user-defined colourscheme doesn't restore original colourscheme</li>
           </ul>
           <em>New Known Issues</em>
           <ul>
           <li><!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in phase after a sequence motif find operation</li>
           <li><!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for ambiguous amino acids</li>
+          <li><!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows containing just upper and lower case letters are interpreted as WUSS rna secondary structure symbols</li>  
           </ul>
           
           </div>