replaced broken biojsmsa home link in jalveiw help
[jalview.git] / help / html / releases.html
index 1ba708a..5a5020a 100755 (executable)
@@ -53,6 +53,7 @@
       <td><em>General</em>
         <ul>
             <li><!-- JAL---></li>
+            <li><!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to reference sequence</li>
         </ul> <em>Application</em>
         <ul>
             <li><!-- JAL---></li>
@@ -60,6 +61,7 @@
             <li><!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2 for ENA record retrieval</li>
             <li><!--  JAL 1812 -->New 'execute Groovy script' option in an alignment window's Calculate menu</li>
             <li><!--  JAL 1812 -->Allow groovy scripts that call Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode</li>
+            <li><!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in Jalview projects</li>
              
         </ul> <em>Applet</em>
         <ul>
@@ -90,6 +92,7 @@
             <li><!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a reference sequence defined</li>
             <li><!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other alignments and views when revealing hidden columns</li>
             <li><!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement view in a cDNA/Protein splitframe</li>
+            <li><!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative sequence from project when only one sequence is represented</li>
             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941 /> RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
           </ul>
           <em>Applet</em>
                 region export in flat file generation</li>
 
               <li>Export alignment views for display with the <a
-                href="http://biojs.io/d/msa">BioJS MSAViewer</a></li>
+                href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
 
               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting