git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
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2.5.1 release branding
[jalview.git] / help / html / webServices / clustalw.html
diff --git a/help/html/webServices/clustalw.html b/help/html/webServices/clustalw.html
index e18e273..9cc77df 100755 (executable)
--- a/help/html/webServices/clustalw.html
+++ b/help/html/webServices/clustalw.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
 <html>
 <!--
  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
@@ -16,3 +33,30 @@
  * 
  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
 -->
+<head><title>ClustalW Alignment</title></head>
+<body>
+<p><strong>ClustalW Alignments</strong></p>
+<p>ClustalW is a program for multiple sequence alignment. It works
+with both DNA and protein sequences, and can also perform profile
+profile alignments to align two or more multiple sequence
+alignments.</p>
+<p>
+Thompson, J.D., Higgins, D.G. and Gibson, T.J. (1994) <br>
+CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple
+sequence alignment through sequence weighting, position specific gap
+penalties and weight matrix choice.<br>
+<em>Nucleic Acids Research</em> <strong>22</strong> 4673-4680
+</p>
+<p>There are two versions of this alignment function, which will operate
+on the selected region, if any, or the whole sequence set:</p>
+<ul>
+  <li><strong>Web Service&#8594;Alignment&#8594;ClustalW Multiple Sequence Alignment</strong><br>
+    Aligns using the clustalW program, ignoring any gaps in the submitted sequence 
+    set. </li>
+  <li><strong>Web Service&#8594;Alignment&#8594;ClustalW Mulitple Sequence Alignment 
+    Realign </strong><br>
+    Submits the sequences with existing gaps to clustalW, which will preserve 
+    existing gaps and re-align those regions which are not optimal. </li>
+</ul>
+</body>
+</html>