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JAL-1645 formatting and updated release date
[jalview.git] / help / html / webServices / jnet.html
diff --git a/help/html/webServices/jnet.html b/help/html/webServices/jnet.html
index 5555c73..0f64115 100755 (executable)
--- a/help/html/webServices/jnet.html
+++ b/help/html/webServices/jnet.html
@@ -1,7 +1,7 @@
 <html>
 <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
- * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
  * 
  * This file is part of Jalview.
  * 
@@ -24,12 +24,19 @@
 </head>
 <body>
 <strong>JNet Secondary Structure Prediction</strong>
-<p>Secondary structure prediction methods attempts to infer the
-likely secondary structure for a protein based on its amino acid
-composition and similarity to sequences with known secondary structure.
-The JNet method uses several different neural networks and decides on
-the most likely prediction via a jury network. <br>
-<ul>
+<p>
+    Secondary structure prediction methods attempts to infer the likely
+    secondary structure for a protein based on its amino acid
+    composition and similarity to sequences with known secondary
+    structure. The most recent version of the method, JPred4, employs a
+    series of neural networks trained to predict different secondary
+    structure types from a sequence profile, and when necessary, employs
+    a jury network to identify the most likely secondary structure
+    prediction.<br><ul><li>Drozdetskiy A, Cole C, Procter J & Barton GJ. (2015)<br/>
+JPred4: a protein secondary structure prediction server<br/>
+<em>Nucleic Acids Research</em>, <strong>Web Server issue</strong> (first published 15th April 2015)<br/>
+<a href="http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkv332">http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkv332</a>
+  </li>
        <li>Cole C., Barber J.D. and Barton G.J. (2008) The Jpred 3
        secondary structure prediction server <em>Nucleic Acids Research</em> <strong>36</strong>
        W197-W201</li>
@@ -110,11 +117,15 @@ The annotation bars below the alignment are as follows:
        invoked to rationalise significantly different primary predictions.</em></li>
 </ul>
 </p>
-<em>JNet annotation created in Jalview 2.8.2 and later versions can be displayed on other alignments via the <a href="">Add reference annotation</a></em>
-<em>As of Jalview 2.6, the Jnet service accessed accessed via the
+       <em>JNet annotation created in Jalview 2.8.2 and later versions
+               can be displayed on other alignments via the <a
+               href="../features/annotation.html#seqannots">Add reference
+                       annotation</a> Sequence ID popup menu option.
+       </em>
+       <em>As of Jalview 2.6, the Jnet service accessed accessed via the
 'Secondary structure prediction' submenu should be considered a legacy
 Jalview SOAP service, and will be replaced in the near future by a
-JABAWS Jnet service (now available in the Jalview 2.9 development version).</em>
+JPred4 Rest service.</em>
 
 </body>
 </html>