git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
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2.5.1 release branding
[jalview.git] / help / html / webServices / jnet.html
diff --git a/help/html/webServices/jnet.html b/help/html/webServices/jnet.html
index a8727db..ac0c906 100755 (executable)
--- a/help/html/webServices/jnet.html
+++ b/help/html/webServices/jnet.html
@@ -1,4 +1,38 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
 <html>
+<!--
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * 
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+-->
 <head>
 <title>JNet Secondary Structure Prediction</title>
 </head>
@@ -10,7 +44,11 @@ composition and similarity to sequences with known secondary structure.
 The JNet method uses several different neural networks and decides on
 the most likely prediction via a jury network. <br>
 <ul>
-       <li>Cuff J. A and Barton G.J (1999) Application of enhanced
+       <li>
+       Cole C., Barber J.D. and Barton G.J. (2008) The Jpred 3 secondary structure prediction server
+       <em>Nucleic Acids Research</em> <strong>36</strong> W197-W201</li>
+       <li>
+       Cuff J. A and Barton G.J (1999) Application of enhanced
        multiple sequence alignment profiles to improve protein secondary
        structure prediction <em>Proteins</em> <strong>40</strong> 502-511</li>
 </ul>