git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
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reassign features already created/documented for 2.9 to 2.8.3 JAL-1682
[jalview.git] / help / html / webServices / jnet.html
diff --git a/help/html/webServices/jnet.html b/help/html/webServices/jnet.html
index a8727db..c90f499 100755 (executable)
--- a/help/html/webServices/jnet.html
+++ b/help/html/webServices/jnet.html
@@ -1,4 +1,24 @@
 <html>
+<!--
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
+ * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ -->
 <head>
 <title>JNet Secondary Structure Prediction</title>
 </head>
@@ -10,6 +30,9 @@ composition and similarity to sequences with known secondary structure.
 The JNet method uses several different neural networks and decides on
 the most likely prediction via a jury network. <br>
 <ul>
+       <li>Cole C., Barber J.D. and Barton G.J. (2008) The Jpred 3
+       secondary structure prediction server <em>Nucleic Acids Research</em> <strong>36</strong>
+       W197-W201</li>
        <li>Cuff J. A and Barton G.J (1999) Application of enhanced
        multiple sequence alignment profiles to improve protein secondary
        structure prediction <em>Proteins</em> <strong>40</strong> 502-511</li>
@@ -87,5 +110,15 @@ The annotation bars below the alignment are as follows:
        invoked to rationalise significantly different primary predictions.</em></li>
 </ul>
 </p>
+       <em>JNet annotation created in Jalview 2.8.2 and later versions
+               can be displayed on other alignments via the <a
+               href="../features/annotation.html#seqannots">Add reference
+                       annotation</a> Sequence ID popup menu option.
+       </em>
+       <em>As of Jalview 2.6, the Jnet service accessed accessed via the
+'Secondary structure prediction' submenu should be considered a legacy
+Jalview SOAP service, and will be replaced in the near future by a
+JPred4 Rest service.</em>
+
 </body>
 </html>