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documentation (JAL-859, JAL-816, JAL-621)
[jalview.git] / help / html / webServices / msaclient.html
diff --git a/help/html/webServices/msaclient.html b/help/html/webServices/msaclient.html
index e18e273..0d413fc 100644 (file)
--- a/help/html/webServices/msaclient.html
+++ b/help/html/webServices/msaclient.html
@@ -1,6 +1,6 @@
 <html>
 <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
  * 
  * This file is part of Jalview.
@@ -16,3 +16,44 @@
  * 
  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
 -->
+<head>
+<title>Multiple Sequence Alignment Web Service</title>
+</head>
+<body>
+<strong>Multiple Sequence Alignment Web Services</strong>
+<p>Multiple sequence alignment services can be accessed from either
+the <strong>Alignment</strong> or the <strong>JABAWS Alignment</strong>
+submenu of the Alignment Window's <strong>Web Service</strong> menu.
+When an entry from one of these menus is selected, either the currently
+selected residues, or the whole sequence set (if there is no selection
+or only one sequence is selected) will be submitted for multiple
+sequence alignment.</p>
+<p>There are two kinds of multiple sequence alignment operations
+available:
+<ul>
+       <li><em>alignment</em> - where a new alignment is constructed from
+       the input</li>
+       <li><em>realignment</em> - where any aligned sequences will be
+       used by the service to construct a profile based alignment of the
+       remaining unaligned sequences.</li>
+</ul>
+The <a href="JABAWS.html">JABAWS Alignment services</a> also offer a
+range of predefined alignment settings and the opportunity for you to
+define your own set of parameters for running the alingment program.</p>
+<p><strong>Multiple Alignments of Sequences with hidden
+columns</strong><br>
+Multiple alignment services are 'column separable' analysis operations.
+If the input contains <a href="../features/hiddenRegions.html">hidden
+columns</a> then each visible segment of the input sequence set will be
+submitted for alignment separately, and the results concatenated (with
+the hidden regions preserved) once all alignment functions have
+completed. Each sub-job's state is reported in its own tab:
+<p>
+<center><strong>Multiple Multiple Sequence Alignment
+sub jobs running at once</strong>
+<center>
+</p>
+<center><img src="multimafftjbs.gif" align="centre"></center>
+</p>
+</body>
+</html>