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help documentation for Jalview 2.7
[jalview.git] / help / html / webServices / msaclient.html
diff --git a/help/html/webServices/msaclient.html b/help/html/webServices/msaclient.html
index 0d413fc..de12faa 100644 (file)
--- a/help/html/webServices/msaclient.html
+++ b/help/html/webServices/msaclient.html
@@ -21,14 +21,15 @@
 </head>
 <body>
 <strong>Multiple Sequence Alignment Web Services</strong>
-<p>Multiple sequence alignment services can be accessed from either
-the <strong>Alignment</strong> or the <strong>JABAWS Alignment</strong>
-submenu of the Alignment Window's <strong>Web Service</strong> menu.
-When an entry from one of these menus is selected, either the currently
-selected residues, or the whole sequence set (if there is no selection
-or only one sequence is selected) will be submitted for multiple
-sequence alignment.</p>
-<p>There are two kinds of multiple sequence alignment operations
+       <p>
+               Multiple sequence alignment services are accessed from the <strong>Alignment</strong>
+               submenu of the Alignment Window's <strong>Web Service</strong> menu.
+               When an entry from one of these menus is selected, either the
+               currently selected residues, or the whole sequence set (if there is no
+               selection or only one sequence is selected) will be submitted for
+               multiple sequence alignment.
+       </p>
+       <p>There are two kinds of multiple sequence alignment operations
 available:
 <ul>
        <li><em>alignment</em> - where a new alignment is constructed from
@@ -37,9 +38,24 @@ available:
        used by the service to construct a profile based alignment of the
        remaining unaligned sequences.</li>
 </ul>
-The <a href="JABAWS.html">JABAWS Alignment services</a> also offer a
-range of predefined alignment settings and the opportunity for you to
-define your own set of parameters for running the alingment program.</p>
+       <strong>JABAWS Alignment services</strong><br> Most alignment services are
+       provided by the
+       <a href="JABAWS.html">JABAWS framework</a>, which allows you to
+       customise the precise parameters used when running each alignment
+       prgoram. In addition to the 'Default settings', you may choose from a
+       range of alignment preset settings, or create your own using the
+       <a href="webServicesParams.html">'Edit Settings And Run ..' dialog
+               box</a>.
+       </p>
+       <p><strong>Alignment programs supported by JABAWS</strong><ul>
+       <li><a href="http://www.clustal.org/">ClustalW</a> (version 2.0.12)</li>
+  <li><a href="http://align.bmr.kyushu-u.ac.jp/mafft/software/">Mafft</a> (version 6.713)</li>
+  <li><a href="http://www.drive5.com/muscle">Muscle</a> (version 3.7) </li>
+  <li><a href="http://www.tcoffee.org/Projects_home_page/t_coffee_home_page.html">Tcoffee</a> (version 8.14) </li>
+  <li><a href="http://probcons.stanford.edu/">Probcons</a> (version 1.12)</li>
+  </ul>
+</p>
+
 <p><strong>Multiple Alignments of Sequences with hidden
 columns</strong><br>
 Multiple alignment services are 'column separable' analysis operations.