Jalview 2.6 source licence
[jalview.git] / help / html / whatsNew.html
index 359238a..22db13f 100755 (executable)
@@ -1,6 +1,6 @@
 <html>
 <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
  * 
  * This file is part of Jalview.
 </head>
 <body>
 <p><strong>What's new ?</strong></p>
-<p>Jalview 2.6 introduces new web services, and includes an updated version of the Jmol molecular graphics visualization system.  See the <a href="releases.html#Jalview2.6">release
-history</a> for the full details.</p>
-<p><strong>Highlights in Jalview Version 2.5</strong></p>
-<ul>
-</ul>
-<em>Jalview Desktop:</em>
-<ul>
-</ul>
-<em>JalviewLite:</em>
-<ul>
-</ul>
-<p><strong>Issues Resolved (a select list)</strong></p>
+<p>Jalview 2.6 introduces new web services, and includes an updated
+version of the Jmol molecular graphics visualization system. See the <a
+       href="releases.html#Jalview2.6">release history</a> for the full
+details.</p>
+<p><strong>Highlights in Jalview Version 2.6</strong></p>
 <ul>
+       <li><a href="webServices/JABAWS.html">JABA Web Services</a> for
+       multiple alignment using:
        <ul>
+               <li>ClustalW</li>
+               <li>MAFFT</li>
+               <li>Muscle</li>
+               <li>ProbCons</li>
+               <li>T-COFFEE</li>
        </ul>
-       <em>Desktop Issues</em>
-       <ul>
-               </ul>
+       </li>
+       <li>User modifiable alignment service parameters</li>
+       <li>Visualization of superposed structures associated with protein
+       or nucleotide sequence alignments.</li>
+       <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA viewer</li>
 </ul>
 
-<p>&nbsp;</p>
+<p><strong>Issues Resolved (a select list - see release history for details)</strong></p>
+<ul>
+       <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when both D+E
+       are present in over 50% of the column</li>
+       <li>Prevent sequence fetcher from replacing ',' for ';' when querying DAS sequence sources</li>
+       <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java 10.5 update
+       4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
+</ul>
 <p>See the <a href="releases.html">Release History</a> page for
 details of all new features and resolved issues.</p>
 </body>