2.5 release notes
[jalview.git] / help / html / whatsNew.html
index 965edea..4723a9a 100755 (executable)
@@ -1,35 +1,93 @@
 <html>
-<head><title>What's new ?</title></head>
+<!--
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * 
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+-->
+<head>
+<title>What's new ?</title>
+</head>
 <body>
-<p><strong>What's new ?</strong> </p>
-<p>If you are reading this then you will already have seen some of the recent changes
-  made to Jalview.<br>
-  Jalview takes advantage of some of the more recent user interface developments
-  in the Java programming language. For instance Jalview is now a multi windowed
-  application, this keeps all your Jalview windows neatly together in one main
-  application window. </p>
-<p>If you were familiar with the original Jalview, here is a list of important
-  features you should know about the current development:</p>
+<p><strong>What's new ?</strong></p>
+<p><strong>Highlights in Jalview Version 2.5</strong></p>
 <ul>
-  <li>Editing sequences is no longer the default when mouse clicking the alignment.
-    Instead, mouse clicking on the alignment creates a &quot;selection region&quot;
-    which may be full sequences or groups of residues.</li>
-  <li>To insert or edit the gaps in one sequence in alignment, the
-  &quot;Shift&quot; key must be held down when dragging the mouse.</li>
-  <li>To insert or edit gaps for a group of sequences, the
-  &quot;Alt&quot; key (or in X windows the &quot;Control&quot;
-    key) must be held down.</li>
-  <li>Selecting colour schemes in the colour menu either sets just the
-  &quot;background&quot; colourscheme for the alignment, or - when
-  the tickbox &quot;Apply colour to all groups&quot; is ticked,
-  applies the scheme to the background and all groups defined on the alignment.</li>
-  <li>Use the right mouse button (apple and click on the Mac) whilst
-  the pointer is within the selection area to access the &quot;define&quot; region menu to
-  define a new region, give it a name, and change its colourscheme and display
-  properties.</li>
-  <li>Conservation is automatically updated whenever the alignment is edited</li>
-  <li>There is no &quot;quick draw&quot; option</li>
-  <li>Edits can be undone, and redone!</li>
+                       Linked viewing of nucleic acid sequences and structures<br/>
+                       Automatic Scrolling option in View menu to display the
+                       currently highlighted region of an alignment.<br/>
+                       Order an alignment by sequence length, or using the average score or total feature count for each sequence.<br/>
+                       Shading features by score or associated description<br/>
+                       Subdivide alignment and groups based on identity of selected subsequence (Make Groups from Selection).<br/>
+                       New hide/show options including Shift+Control+H to hide everything but the currently selected region.<br/>
 </ul>
+<em>Jalview Desktop:</em>
+<ul>
+       Fetch DB References capabilities and UI expanded to support
+       retrieval from DAS sequence sources<br/>
+       Enable or disable non-positional feature and database
+       references in sequence ID tooltip from View menu in application.<br/>
+       Group-associated consensus, sequence logos and conservation
+       plots<br/>
+       Symbol distributions for each column can be exported and
+       visualized as sequence logos<br/>
+       Jalview Java Console<br/>
+       New webservice for submitting sequences and IDs to <a
+               href="webServices/index.html#envision2">Envision2</a> Workflows<br/>
+       Improved VAMSAS synchronization and sharing of selections.<br/>
+</ul>
+<em>JalviewLite:</em>
+<ul>
+       Middle button resizes annotation row height<br/>
+       New Parameters  - including default tree display settings.<br/>
+       Non-positional features displayed in ID tooltip<br/>
+</ul>
+<p><strong>Issues Resolved (a select list)</strong></p>
+<ul>
+       <ul>
+               Source field in GFF files parsed as feature source rather
+               than description<br/>
+               Non-positional features are now included in sequence feature
+               and gff files (controlled via non-positional feature visibility in
+               tooltip).<br/>
+               URL links generated for all feature links (bugfix)<br/>
+               Codons containing ambiguous nucleotides translated as 'X' in
+               peptide product<br/>
+               Match case switch in find dialog box works for both sequence
+               ID and sequence string and query strings do not have to be in upper
+               case to match case-insensitively.<br/>
+               Jalview Annotation File generation/parsing consistent with
+               documentation (e.g. Stockholm annotation can be exported and
+               re-imported)<br/>
+               Find incrementally searches ID string matches as well as
+               subsequence matches, and correctly reports total number of both.<br/>
+       </ul>
+       <em>Desktop Issues</em>
+       <ul>
+                       Better handling of exceptions during sequence retrieval<br/>
+                       PDB files retrieved from URLs are cached properly<br/>
+                       Sequence description lines properly shared via VAMSAS<br/>
+                       Sequence fetcher fetches multiple records for all data
+                       sources<br/>
+                       Ensured that command line das feature retrieval completes
+                       before alignment figures are generated.<br/>
+                       Reduced time taken when opening file browser for first time.<br/>
+                       User defined group colours properly recovered from Jalview projects.<br/>
+               </ul>
+</ul>
+
+<p>&nbsp;</p>
+<p>See the <a href="releases.html">Release History</a> page for
+details of all new features and resolved issues.</p>
 </body>
 </html>