Merge branch 'bug/JAL-1610refAnnotationsInViews' into develop
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index 8c28564..4ca6e93 100755 (executable)
@@ -1,34 +1,40 @@
-<html>\r
-<head><title>What's new ?</title></head>\r
-<body>\r
-<p><strong>What's new ?</strong> </p>\r
-<p>Jalview Version 2.08</p>\r
-<p> <a href="editing/index.html">Editing</a> can be locked to the selection area. \r
-  Any edits made within the locked area do not affect the rest of the alignment.</p>\r
-<p> Keyboard editing - press F2 to toggle cursor mode On / Off. For a full list \r
-  of keyboard controls, look <a href="keys.html">here</a>.</p>\r
-<p> <a href="features/search.html">Create sequence features from searches</a>. \r
-  Previously results from searches were added as alignment positions, which was \r
-  wrong. Now the search results are saved as sequence features and their visibility \r
-  and colour can be modified using the <a href="features/seqfeatures.html">Sequence \r
-  Feature Settings</a> window.</p>\r
-<p> Precalculated annotations can be loaded onto alignments. The <a href="features/annotationsFormat.html">Annotation \r
-  File</a> format is a tab delimited set of values.</p>\r
-<p> <a href="features/featuresFormat.html">Features file</a> allows grouping of \r
-  features. The <a href="features/seqfeatures.html">Sequence Feature Settings</a> \r
-  window then makes it very easy to set the visibility of groups of features. \r
-</p>\r
-<p> <a href="colourSchemes/annotationColouring.html">Annotation Colouring</a> \r
-  scheme added. A new colour scheme which colours columns on a per-column value.</p>\r
-<p> Smooth fonts off by default - faster rendering. Toggle on / off from the View \r
-  menu, or can be set in Preferences.</p>\r
-<p> Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off from the Calculate menu.<br>\r
-</p>\r
-<p><strong>Issues Resolved</strong></p>\r
-<p> Drag &amp; Drop fixed on Linux</p>\r
-<p> Jalview Archive file faster to load/save, sequence descriptions saved.<br>\r
-</p>\r
-<p>See the <a href="releases.html">Release History</a> page for details of all\r
-  new features and resolved issues. </p>\r
-</body>\r
-</html>\r
+<html>
+<!--
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
+ * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ -->
+<head>
+<title>What's new ?</title>
+</head>
+<body>
+       <p>
+               <strong>What's new ?</strong>
+       </p>
+       <p>
+               Jalview 2.8.2 is the first release produced by our new core
+               development team.<br /> It incorporates many minor improvements and
+               bug-fixes, and new features for working with 3D structure data,
+               shading alignments by secondary structure and generation of alignment
+               figures as Scalable Vector Graphics.
+               <br />As ever, the highlights are detailed below, and the full list is
+               given in the
+               <a href="releases.html#Jalview2.8.2">Jalview 2.8.2 Release Notes</a>.
+       </p>
+</body>
+</html>